weixin_69558614的博客

在基因组时代的早期，研究人员主要采用单一的“参考”基因组作为目标物种的基础，这一基因组用于进行各种遗传分析，包括物种内部和物种间的变异研究。随着测序技术的发展，测序质量显著提高，成本大幅降低，成千上万的新基因组被测序，从而揭示了大量物种间的遗传变异。这一过程使人们意识到，单一参考基因组无法代表一个物种的全部遗传信息。泛基因组的优势泛基因组分析提供了一个平台，通过收集物种的整体基因组信息库，获取其全部遗传多样性。该方法已在细菌、真菌以及动植物中得到广泛应用。亟待解决的问题基因组组装不完整。

研究背景完整的T2T基因组组装一直是基因组研究的长期追求。研究方法通过生成高深度覆盖的超长和测序数据，报道了玉米的完整基因组组装。每条染色体均以单一contig的形式完整覆盖。结果概述Mo17基因组的大小为，基础准确率超过。揭示了基因组所有重复区域的结构特征。发现多个超长简单序列重复阵列，其中连续的三核苷酸重复长度可达。完整组装了的核仁组织区域，包含个拷贝，揭示了rDNA重复和转座子插入的复杂模式。完成了十个中心粒的完整组装，精确剖析了CentC丰富和CentC贫乏中心粒的重复组成。研究意义。

高通量染色体构象捕获（high-throughput chromosome conformation capture）。

人类微生物群构成了一个复杂的多王国群落，与宿主在多个身体部位共生相互作用。宿主-微生物群的相互作用影响多 种生理过程和各种多因素的疾病条件。在过去的十年中，微生物群落被认为会影响多种癌症类型的发展、进展、转移 形成和治疗反应。虽然微生物对癌症生物学的影响的因果证据才刚刚开始被揭示，但增强对这种与癌症调节的相互作用和对癌症治疗的影响的分子理解被认为具有重要的科学重要性和临床相关性。

由于创新的样品制备和测序技术，单个细胞中的基因表达现在可以在一次实验中测量数千个细胞。自引入以来，单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法已经彻底改变了基因组学领域，因为它们通过在单细胞分辨率下探索基因表达谱，为解决细胞异质性创造了前所未有的机会。然而，快速发展的scRNA-seq领域引发了各种分析方法的出现，旨在最大限度地发挥这种新策略的全部潜力。与基于群体的RNA测序方法不同，scRNA测序需要全面的计算工具来解决高数据复杂性，并跟上新兴的单细胞相关挑战。尽管有大量的分析方法，但缺乏普遍的标准化。

DNA 甲基化是一种 DNA 的共价修饰，具体是指DNA 甲基转移酶（DNA methyltransferases，DNMTs）将甲基加到 DNA CpG 序列中胞嘧啶的 5'碳位，形成 5⁃甲基胞嘧啶的过程。成簇的 CpG被称为 CpG岛（CpGislands，CGIs），主要位于结构基因的启动子和第一外显子区域。DNA 甲基化标志物是癌细胞中的 DNA异常甲基化改变，这种异常甲基化贯穿于癌症发生和发展的全过程。与传统的肿瘤标志物相比，DNA甲基化标志物具有更早期、更无创、更精准等优点。

数据库试运行合格后,数据库开发工作基本完成,即可投入正式运行了。但由于应用环境不断变化,数据库运行过程中物理存储也不断变化,对数据库设计进行评价、调整与修改等维护工作是一个长期的任务。在数据库运行阶段,对数据库经常性的维护工作主要是由数据库管理员 DBA 完成的。数据库的维护工作包括4个方面。

宏基因组测序（mNGS）在新发突发传染病以及常规检验阴性的感染性疾病诊断中发挥了重要作用。近期，国内相继发表了多个共识阐述了临床应用及实验室规范，但生物信息分析程序及方法也是mNGS重要环节，而目前学界尚未有一致的认识。为提高临床对mNGS结果的理解，本共识根据国内外的发展现状，结合国内测序实验室常规做法，阐述生物信息学分析的规范化管理内容。

传统的病原学检验技术覆盖的微生物种类少，难以满足临床需求。宏基因组高通量测序技术 (metagenomic next-generationsequencing，mNGS) 可以不基于假设、无偏倚地检测疑似感染患者标本中的病原微生物，扩大病原体检测种类，缩短检测时间，提供可用于患者诊断、制定治疗方案的关键信息，有效提升感染性疾病的诊疗水平，助力抗菌药物合理应用；还有助于解决新发、罕见、疑难病原体的漏检问题。mNGS在很大程度上提高了临床疑难危重感染、罕见和新发病原体感染的诊断水平和救治能力。

在全球范围内，肾细胞癌（RCC）是最常见的肾癌类型，占所有病例的90%和95%。男性肾细胞癌的发生率明显高于女性。肾细胞癌起源于肾近端卷曲小管上皮细胞的恶性转化。肾细胞癌的治疗包括手术治疗、靶向治疗、免疫治疗等。在过去的几十年里，肾细胞癌患者的预后取得了很大的改善。肾细胞癌发展的危险因素包括吸烟、肥胖、高血压和遗传因素。与其他癌症一样，RCC患者也存在许多基因突变，包括Kras、BIRC5、XIAP、MCL-1、HIF1、HIF2和AKT。特别是3号染色体上Von Hippel-Lindau（VHL）

本共识围绕中国人群BRCA胚系突变筛查的目标人群、筛查时机、检测前遗传咨询、检测技术和质量控制、突变的规范化解读与报告、检测后遗传咨询等多个方面开展了德尔菲问卷调查，参与的专家来自全国15个省、自治区、直辖市，所有专家均具有博士学位并任职于大型教学医院或知名大学，在遗传性肿瘤的健康管理筛查、临床诊断以及治疗等领域具有一定的代表性和权威性。在纳入调查的14条意见中，推荐强度为A的强推荐意见为12个，推荐强度为B的普通推荐意见为2个（表3）。

组合分析流程的安装、使用方法和结果解读，实现数据质量评估、质量控制和去宿主污染、质量再评估的分析过程。也对各步骤常见问题和解决方法进行了总 结，以便同行更准确、高效地实现宏基因组数据的预处理，为下游分析提供高质量的宏基因组数据。非常适合新手入门和实践。大家有兴趣可以去看看，并上手实践一下。文章在网站上很容易可找到，我就不分享了，怕侵权。我向大家分享早期我看的刘永鑫教授课题组的一篇注重实践的文章，我是在微信公众号上看到的。主 要介绍了 FastQC、

关键词］ 二代测序；报告解读；指引目 前 二 代 测 序（next generation sequencing，NGS）已成为中国临床肿瘤医生常用检测工具，中 国 临 床 肿 瘤 学 会（Chinese Society of Clinical Oncology，CSCO）肿瘤生物标志物专家委员会发布的第 1 个 NGS 临床应用调研显示，大于 30%的肿瘤科医生每月 NGS 检测量超 5 个，而中国超过 90%临床医生需要 NGS 报告解读支持。

【摘要】 循环肿瘤DNA（circulating tumor DNA，ctDNA）高通量测序在肿瘤临床诊疗中发挥越来越重要的作用，但其临床检测标准和应用范围尚缺乏统一认识。中国抗癌协会肿瘤标志专业委员会组织相关专家，结合国内临床实践，参考国内外文献，从ctDNA生物学特征、检测影响因素，ctDNA高通量测序检测结果的临床应用价值和范围，以及ctDNA高通量测序检测体系的标准化建设等方面进行评述，提出专家意见，经专家组讨论并形成7条专家共识，为ctDNA高通量测序的临床应用和检测提供参考，以促

这是这本书，第四章第五节的内容，这一部分是以NGS检测肿瘤基因突变为例，描述了其原理和大概流程，这和以前我分享的病原宏基因组高通量测序性能确认方案可以互相补充，大家可以都看一下，但是想要真正的弄懂，还需要参与具体的项目。

本来，我是想总结一下文档，再分享出来，后来感觉这本书的作者写的太好，很细，怎么总结也感觉不全面（其实是很懒，也没有时间），况且，我是做生信的，这一章更适合做实验的同志阅读，我们跑生信的看一看，了解一下上游，与实验人员更好的沟通，不过，我问过做实验的同事，这本书上的内容和实际还是有差距的，大家可以了解一下原理和过程。我最近找到一篇神书，是李金明先生所著。真是后悔看到这本书太晚了，我将书中的内容分享给你们。

【摘要】 宏基因组高通量测序技术通过对临床样本中微生物和宿主核酸的测序分析，可以无偏倚地检测多种病原微生物，正在逐渐应用于临床感染性疾病病原检测，然而业界对该技术的临床适应证、实验流程、质量管理、性能验证和报告解读等方面仍有困惑。中华医学会检验医学分会临床微生物学组、中华医学会微生物学与免疫学分会临床微生物学组、中国医疗保健国际交流促进会临床微生物与感染分会组织专家对上述问题进行了讨论并撰写了专家共识，对一些关键问题给出了推荐意见和处理方法，希望有益于业界的良性互动，促进该技术规范和发展，为

摘要|临床宏基因组下一代测序（mNGS）是对患者样本中微生物和宿主遗传物质（DNA和RNA）的综合分析，目前正迅速从研究向临床实验室发展。这种新兴的方法正在改变医生诊断和治疗传染病的方式，其应用涉及广泛的领域，包括抗菌素耐药性、微生物组、人类宿主基因表达（转录组学）和肿瘤学。在这里，我们重点关注在临床实验室实施mNGS的挑战，并解决潜在的解决方案，以最大限度地提高其对患者护理和公共卫生的影响。图1|宏基因组测序的临床应用。|在传染病诊断中的应用包括从初

【摘要】传统微生物学检测方法难以满足临床复杂多变的病原体检测需求。近年来，新兴的宏基因组高通量测序(metagenomic next-generation sequencing，m NGS)技术被广泛应用于各种感染性疾病诊断、新发及突发传染病病因分析、耐药基因检测和宿主免疫应答分析等领域。m NGS检测流程十分复杂，检测过程中每一步骤引入的变异均会影响检测结果的准确性。检测方法缺乏标准化、人员认知和能力不足、仪器试剂成本高昂是m NGS临床推广面临的主要障碍，因此亟需对检测方法进行标准化、规

独立的实验室以及获得医疗器械注册许可的高通量测序平台：由于样品通常是分批处理的，每个批次都需要监控物种检出的频率，建立正常物种的频率基线，用于判断和排除可能的污染，因此，实验室空气洁净度、仪器、试剂批次等需要建立标准对照和监测系统，实验室存在的背景微生物需定期汇总更新，操作人员需明确记录和严格遵守实验室守则，建立自动化检测平台，将分析工作流程分为多个离散步骤以通过轮换执行，这有助于减少或避免实验误差和错误的出现。对样本的检测，如对病原菌的分离纯化、生化鉴定、核酸提取、涂片等可以在生物安全二级实验室内进行。

摘要：宏基因组学利用新一代高通量测序技术，以特定环境下病原体基因组为研究对象，在分析病原体多样性、种群结构、进化关系的基础上，进一步探究病原体的群体功能活性、相互作用及其与环境之间的关系，发掘潜在的生物学意义。目前，绝大部分的宏基因组学研究都集中在临床价值评价，宏基因组检测临床应用前分析性能确认的研究相对空白，北京协和医院检验科研究团队结合多年病原宏基因组检测的经验和国内外相关研究成果，就病原宏基因组项目医院本地化开展前的性能确认工作，从临床预期用途、方法学建立、性能确认、标准操作作业书4个方