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RSS订阅原创 velocyto.R 的安装记录（亲测有效）
总的步骤：一共需要下载并安装3个东西：Visual Studio, Boost, velocyto.R。总体参考的步骤。总的步骤：下面某些步骤如果在之前已经安装过就可以跳过。检查是否安装成功：运行 library(velocyto.R)。没有报错就是安装成功了。一些学习过程的记录如果看总的步骤没有安装成功，可以看看下面有没有链接适合你→。
2024-11-15 21:51:30
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原创 一些latex中表格的技巧总结
如果表格非常简单，可以自己手动在latex中敲，但是如果比较复杂，建议先在excel中写好，然后使用一些工具生成latex代码，再粘贴到tex中。注：下面这两个可以结合使用，尤其是在调整表格细节的时候，可以参考自动生成的某些格式的命令。
2024-05-01 22:32:30
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原创 尝试linux中R的并行计算
一、并行计算参考 【效率提升】R语言并行计算 - 知乎 (zhihu.com) ，使用 foreach 包进行并行计算：先查看计算机可用核数：使用命令 detectCores()。下面的命令用来计算矩阵 M 每行的标准差： 上面的程序是可以运行成功的。但是在成功之前遇到过报错“类别为'closure'的对象不可以取子集”：参考 R语言显示“类别为'closure'的对象不可以取子集”怎么办呢 - 优快云文库 ，是因为可能在并行计算中对函数取子集，当时我的func1具体为 func1 <- funct
2024-04-01 09:38:50
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原创 R和Linux的一些命令记录
R 判断是否报错，参考 R语言中error的判断-优快云博客 ，使用 try() 函数，报错的命令是'try-error'类型的，可以进行判断。 查看R包的源代码：参考 r语言中六种方法查看R函数源代码—— 鼠标放在函数上，按下F2源码_r语言查看函数源代码-优快云博客 ， 感叹号放在命令前面也表示“否”的意思，如：!is.null(a)表示判断“a不是空吗”。Linux
2024-03-19 16:46:47
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原创 20240309单细胞测序学习记录
仔细看文献，还是要注意看文字的下标，能解决一部分由于“想当然”带来的问题。看文献，思考含义及应用。1，乘法更新规则的推导：参考 非负矩阵分解（NMF）原理及算法实现 - 我们都是大好青年 - 博客园 (cnblogs.com) ，平方距离更新规则的推导：KL散度相关的推导还没看。2，R的并行计算：参考 R 语言并行计算 汇总 - 知乎 (zhihu.com) 。并行计算的进度可视化：参考 【R】并行可视化 by 进度条_怎么看r语言是不是在跑代码-优快云博客 。3，了解独立成分分析(ICA)方法：参考 详
2024-03-09 20:10:20
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原创 20240124单细胞测序学习记录
更改seurat对象的gene名称：背景：我的数据是ENSG号的，后续分析不方便，需要修改为symbol名称的。尝试1：修改 assays 中 counts 和 data 的行名称，虽然 rownames(seurat_obj) 会返回 symbol 形式，但是后续进行 NormalizeData 时会报错(Attempting to add a different number of cells and/or features) ，所以这个是行不通的。并且参考 如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名
2024-02-24 22:24:48
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原创 20231115单细胞测序学习记录
1，下载数据，看扩展名，导入R，看数据是什么类型的，包括哪些方面的信息，可以用data[1:4,1:4]来看具体的数据内容。2，细胞类型注释安装SingleR 下载注释数据包 下载这步需要联网，在服务器上偶尔能连接到，在我自己的电脑上根本连不到，所以可以用下面这种方式：(1)在服务器上下载好数据文件，是SummarizedExperiment类型的，保存成.Rdata文件（存到自己知道的路径下）；(2)从服务器上下载到自己的电脑上，同样记得保存到自己知道的地方；（3）用的时候直接 refdata
2023-11-15 21:27:03
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空空如也
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