ERROR MESSAGE: SAM/BAM file SAMFileReader{..file path} is malformed: BAM file has a read with mismat

小羊小羊，遇事不难

于 2023-05-16 19:41:38 发布

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分类专栏：报错文章标签： bash

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在运行GATK3的TRealignerTargetCreator时遇到错误，提示BAM文件格式不正确，存在读取基对数量和质量分数不匹配的问题。解决方案是添加-filterMBQ参数来过滤质量分数不符的读取。这通常与序列数据的质控问题有关。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

GATK3 -T RealignerTargetCreator 步骤报错ERROR MESSAGE: SAM/BAM file SAMFileReader{..file path} is malformed: BAM file has a read with mismatching number of bases and base qualities. Offender: T_SOLEXA-GA02:6:9:1538:8018 [1 bases] [0 quals]

解决方案，在GATK3 -T RealignerTargetCreator命令后加上参数-filterMBQ

参考What's causing malformed reads - SEQanswers

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