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RSS订阅原创 学位论文精读-hBMSCs在肿瘤微环境中分泌IL-6并上调IL-17水平协同促进DLBCL生长的研究
介绍DLBCL：非霍奇金淋巴瘤是起源于淋巴结或其他淋巴组织的恶性肿瘤，近十几年来其发病率不断升高。弥漫大B细胞淋巴瘤是其中最常见的亚型，约占30%-40%，全世界范围内一年发病率超过10万例，是一种侵袭性淋巴瘤。根据不同的免疫表型，DLBCL分为两种预后不同的基因亚型，分别是生发中心型（GCB型）和非生发中心型（non-GCB），其中Non-GCB型比GCB型预后差。虽然近些年以来的一线化疗方案（R-CHOP）改善了DLBCL患者的预后，但是仍然有相当一部分患者因化疗耐药而出现进展或复发。
2022-12-21 19:15:29
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原创 文献阅读-FCER1G与透明细胞癌中巨噬细胞的浸润相关并且通过调节肿瘤免疫产生不良预后
背景：肿瘤相关巨噬细胞（Tumor-associated macrophages）TAMs在透明细胞癌中与患者不良的预后相关，但是ccRCC与TAMs之间的重要的分子标记物不是很清楚。方法：采用TCGA-KIRC中的肿瘤组织以及临近肿瘤组织中的正常组织进行差异表达分析鉴定差异表达基因。通过分析差异表达基因之间的相关性以及常见的巨噬细胞标志物鉴定TAMs相关的基因。基因集富集分析用于预测TAMs相关基因的功能。
2022-10-10 18:14:51
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原创 多重荧光免疫组化（mIHC）实验原理
主要采用的是TSA技术，又称之为络胺信号放大技术；简单来说就是用该方法做多重免疫荧光是利用二抗上带有的HRP（而不是直接偶联荧光素）来催化后续添加茹体系的非活性荧光素。荧光素在HRP和过氧化氢的作用下被活化，跟临近蛋白的酪氨酸残基共价偶联，使得蛋白样品与荧光素稳定的结合。然后利用微波的处理，前一轮非共价结合的抗体被洗掉，共价结合的荧光素还残留在样品上。再换一个一抗来进行第二轮的孵育，周而复始。等到所有的抗体孵育结束以后，荧光素都结合好以后，最后对结果进行检测。
2022-10-10 10:13:41
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原创 文献阅读-Clinical and Biological subtypes of B-cell lymphoma revealed by microenvironment signature
文献阅读
2022-09-30 18:22:19
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原创 文献阅读-10X单细胞揭示肿瘤浸润性T细胞的泛癌单细胞图谱
T细胞在肿瘤免疫治疗中扮演重要的角色，但是缺乏对不同癌症类型浸润性T细胞的异质性和动态性的系统性的比较。作者通过建立316名患者包括21种癌症类型和pan-cancer的单细胞测序，揭示了不同的T细胞组成模式。作者发现在exhaustion T cells 中多条细胞状态转化通路并且细胞类型的转化存在于多种癌症类型中，某些T细胞群显示出于患者特性（如肿瘤突变负荷）的相关性。
2022-09-17 21:08:51
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转载 SCI图表重现-4
今天依旧跟着小明学习复现SCI的图表，今天复现的论文为最基本的想法是通过单独画一个饼图，然后进行拼接，但是有一个新遇到的包可以实现这个功能 scattermore可以直接指定输入数据，然后一次性将所有拼图全部画好。需要的格式如下图所示x, y指定饼图的位置坐标，接下来就紧跟饼状图每一个部分色数据，哪接下来就模仿这一个数据**模仿数据的代码**接下来添加头部的图例以及左侧的文字首先先构造数据最后得到这一张图。
2022-09-05 00:29:55
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转载 单细胞测序分析-T细胞注释
PBMC中淋巴细胞约占70%-90%，在PBMC中占多数的淋巴细胞中，约70%-85%为CD3+ T细胞（约占PBMC的比例为45%-70%），5%-20%为B细胞（约占PBMC比例的15%），5%-20%为NK细胞（约占PBMC比例的15%）T细胞因为成熟于胸腺而得名，主要功能为介导细胞免疫和调节机体的免疫应答，T细胞来源于骨髓干细胞（胚胎期来源于卵黄囊和胚肝），在胸腺中发育和分化。成熟以后进入到外周的免疫器官进行定居，并循环血液>组织>淋巴>血液进行淋巴细胞再循环而遍布全身。
2022-09-04 15:05:43
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转载 单细胞数据处理流程-monocle2
step1：选择定义过程的基因step2：降维step2：拟时间轴轨迹构建和在拟时间内排列细胞#Step 1: 选择定义过程的基因#Monocle官网教程提供了4个选择方法：#选择发育差异表达基因#选择clusters差异表达基因#选择离散程度高的基因#自定义发育marker基因文献中提到monocle中基因选择的问题可能是选择cluster差异的基因。
2022-09-01 21:03:37
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转载 SCI论文图表复现-2（十字火山图）
做单细胞测序的时候，常规所展示的火山图和RNAseq的分析是一致的，由于两个分组之间的细胞数量太多，很大概率会导致p值过于显著，无限接近于0的情况，因此导致火山图的结果非常的诡异。最近在文献中看到这样的火山图。......
2022-08-31 22:00:32
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空空如也
GEO数据挖掘，R语言
2021-03-09
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