weixin_49509366的博客

import pandas as pdimport numpy as npfrom Bio import SeqIOfrom Bio import PDBimport requests# 但是可能会出现 InsecureRequestWarning 警告，# 虽然不影响代码采集但是看着不舒服，可以加上下面两行：import urllib3urllib3.disable_warnings()names=pd.read_csv('C:/Users/A/Desktop/data_plant_h

这个代码可以用于自动把所有分子的分子图保存为png格式。import syssys.path.append('/home/li/.conda/envs/li/lib/python3.7/site-packages')from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import Drawsmis=[]for i in open ("/home/li/draw_molecule_picture/moses2_smiles.txt"): smis.append(

1、将化学分子的inchi表示批量转化为分子图表示。可以使用rdkit.Chem.inchi module的rdkit.Chem.inchi.MolFromInchi函数。常见的关于inchi表示的一些操作函数都可以在rdkit.Chem.inchi module里，但没有从Inchi直接转化为smile的函数。#从inchi转为分子图from rdkit import Chemwith open('inchi数据.txt') as f: inchis = f.readlines()