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RSS订阅原创 共聚焦显微镜的使用操作流程
接下来，细致调节显微镜镜头，从低倍镜（5倍、10倍）至高倍镜（25倍、50倍、63倍、100倍）逐步进行，确保每一步都清晰成像。同时，根据所用倍镜调整zoom值（如100倍镜对应zoom为1，63倍镜对应zoom为1.63），以保持图像的真实比例。随后，通过调节z轴（焦距）来清晰呈现细胞轮廓，初始时调整幅度宜小，逐渐增大直至观察到清晰的荧光场。随后，根据实验需求，精心制备好第一张细胞制片，确保细胞分布均匀，无气泡干扰观察。最后，切断显微镜电源，整理实验台，归还所有试剂和工具至原位，为下一次实验做好准备。
2025-03-07 20:56:09
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原创 谷胱甘肽细胞损伤模型资料查找
① 在细胞维持氧化还原稳态中，GSH发挥着重要的作用。②细胞核内氧化还原平衡调控脱氧二磷酸（dNDP）的产生，后者是DNA合成的必需物质。③有丝分裂的S期，核内GSH水平明显上调，有可能源于GSH参与了蛋白质降解过程。
2025-02-18 16:48:20
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原创 细胞共定位实验
激光扫描共聚焦显微镜在生命医学研究中广泛应用，通过共聚焦显微镜获取的图片可进行共定位分析。生物学上荧光共定位（Colocalization）以及可能存在的相互作用。
2025-02-18 10:36:12
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原创 HepG2细胞复苏实验以及六孔板种植细胞实验
同样倒掉培养基，加入5ml培养基，并取三个培养皿，在每个培养皿中加入7.5ml培养基，然后再向每个培养基中加入1.5ml混匀的细胞培养基，于显微镜下观察其生长状态。随后，取用10ml的离心管，用1ml枪将冻存的细胞液取出，加入10ml离心管中，然后再加入4ml培养基，在5min 600rpm的转速下离心，倒出培养基和冻存液的混合溶液，并用干的棉花擦去离心管口的培养基，随后，再向离心管中加入5ml的培养基，以及培养皿中加入5ml的培养基。将离心管中的培养基混匀三次后加入培养皿中，于显微镜下观察其细胞状态。
2025-02-17 22:50:00
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原创 Hela细胞的细胞传代
首先，用镊子取5ml枪的枪头，安装在枪上过火。随后，在废液缸8cm的高度倒掉培养基，用5ml的PBS洗两遍，倒掉。下来使用1ml的枪吸走残留的PBS溶液，并加入胰蛋白酶，前前后后左左左右右摇晃1min，用1ml的枪吸走胰蛋白酶溶液。随后，再加入5ml的培养基，三面各混匀三下，将混匀后的培养基加入10ml的离心管中，以5min 600rpm的转速离心后，倒掉上面的培养基。随后立即加入5ml培养基给离心管，然后再给培养皿。将离心管中的细胞混匀，加入2ml的培养基入培养皿中，观察其密度，密度不够接着加。
2025-02-15 13:09:15
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原创 Hela以及PC12的状态观察以及冻存
随后，在显微镜下观察漂浮的不规则细胞相较没加胰蛋白酶时更多，说明有部分胰蛋白酶破坏了细胞膜表面，此时再加入5ml的培养基以减缓消化过程，并将稀释后的PC12细胞放入离心机中，以5min，600rpm分离出细胞，然后倒出培养基和胰蛋白酶的混合溶液。在冻存前，首先使用5ml的枪对两个PC12培养皿和一个Hela培养皿吸取5ml的PBS缓冲液清洗两边，然后使用1ml的枪吸取胰蛋白酶，孵育1min后吹打，观察其细胞间蛋白质的分离情况。将预冷冻的细胞从4℃的冰箱中取出，然后将绳🎗，放在液氮罐的洞口上。
2025-02-14 19:42:56
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原创 HepG2和PC12细胞传代培养实验&细胞换液（25.2.13）
拿出两个胰蛋白酶，放在室温下解冻。然后，倒掉培养皿中的培养基，使用PBS5ml*2清洗两次，然后加入胰蛋白酶放置1min，使用5ml的枪吹打的时候可以看到不再贴壁。随后，将培养基中的胰蛋白酶吸出，加入5ml培养基,吸取2.5ml培养基到准备好的培养皿中，将两个培养皿各加入7.5ml培养基，再观察细胞状态。然后同样消毒条件后在显微镜下观察细胞的生长情况，对于细胞过密的培养皿进行分离，对于细胞生长情况不好（存在不规则边缘）的细胞进行换液继续培养。通过对细胞培养的培养皿的贴壁细胞分离，实现细胞的传代培养。
2025-02-13 15:26:28
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原创 细胞复苏实验笔记
混合在一起，在离心机中以6min和800rpm的速度离心，在每个培养皿中加入10ml培养基。离心完毕后倒掉上层培养基，用培养皿中的培养基捶打混合，在灯下观察细胞培养状态。2.细胞复苏以及冷冻采用“慢冻快解”，在冷冻细胞的时候，可以加入冷冻液然后，在液氮罐口上-80摄氏度存一晚上，适应寒冷的环境，然后在液氮罐中冻存。3.复苏的流程：首先将培养基从-4℃的冰箱中取出，放入水浴锅中。然后取液氮罐中的冻存细胞，放在水浴锅上解冻，解冻后的细胞液与5ml培养基(1.培养基牛血清所占总体积10%。
2025-02-11 21:20:50
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原创 生物硫醇的可逆性加成对荧光探针设计的应用
在中性条件下，前人使用半胱氨酸和2-氰基丙烯酸酯快速的可逆反应观察，仅仅巯基2与双活化的Micheal受体反应达到平衡，作者认为1中的吸电子基团使β位置的碳原子更容易受到亲核进攻。此外，酸酯的吸电子作用的α-H的酸性，加强烯烃的E1消除反应。使用共价药物设计的时候，通过马来酰胺和生物硫醇实现不可逆的共价连接，从而实现对靶点的选择性。如今，通过对目标蛋白进行共价加和实现对药物的选择性，但是部分药物由于形成的共价键不可逆，所以会导致毒性问题（奥美拉唑、乙酰水杨酸等），科研人员通过寻找。策略降低共价结合的毒性。
2024-12-12 17:20:39
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原创 核探针文献汇总（一）：双光子核探针设计思想汇总
30197.pdf双光子吸收是指在强光激发下，使用近红外光700~1000nm波长去激发介质，介质分子同时吸收两个光子，从基态跃迁到两倍光子能量的激发态的过程。
2024-12-01 15:01:24
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原创 基于Shriff碱结构设计的监测Al3+的Aβ阿尔兹海默症的结构设计
阿尔茨海默病（Alzheimer’s Disease，AD），俗称老年痴呆症，是一种中枢神经系统的退行性疾病，在老年人群中极为常见，其防治问题是世界难题之一。根据的最新进展有必要重新审视脑部铝积累与AD 发生之间关系。脑部铝积累会促进Aβ 由单体变为低聚物，有可能加剧Aβ 的聚集进而导致阿尔茨海默病的产生。。本课题选用AlCl3 和Aβ 处理神经细胞和小胶质细胞进行一系列实验。首先用Aβ 作用于神经细胞PC12 建立损伤模型，然后。结果表明，
2024-11-25 14:49:02
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原创 文献组会汇报：超氧阴离子响应机理以及核探针设计（二）
Chen课题组发表了一篇关于超氧阴离子的综述。超氧阴离子（O2•−）是生物系统中一种重要的活性氧（ROS），在细胞功能调节中起着广泛的作用，与许多疾病的发生和发展密切相关。为了揭示O2•−在这些疾病中的病理意义，生物系统内有效监测技术的发展势在必行。活性氧（ROS）包括细胞内一系列氧反应物质，包括。它们在维持细胞氧化还原平衡方面发挥着至关重要的作用，它们的产生和消除受到一系列抗氧化防御机制的精细调节。
2024-11-18 16:43:09
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原创 文献组会汇报：Cys响应机理以及核探针设计（一）
a图中从1到22分别为HL-Cys、Lys、Trp、Ala、Gly、Thr、Ser、Arg、Tyr、Leu、Ile、His、Pro、Met、Gln、Val、Glu、Asn、Hcy、Asp、GSH、Cys。Cys，Hcy，GSH三种生物硫醇，参与蛋白质的结构支持（Cys），潜在的疾病检测物（HCy）以及抗氧化剂（GSH），生物硫醇具有强大的氧化还原特性以及亲核性，可以保护细胞和组织免受内源性活性氧（ROS）和自由基氧化方面具有重要作用。可以观察到随着Cys的浓度不断递增，在552nm处的荧光显著增强。
2024-11-05 21:50:01
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原创 细胞核荧光探针：一种红色发光、NADPH响应的的喹啉基荧光探针
由喹啉、吡啶、异喹啉、噻吩阳离子和半花青类似物的结合中形成双受体的探针，在NADH的还原下形成D-A型探针，在561nm处对NAD(P)H相较于类似物荧光强度增长30倍。上述的NADH-G和NADH-R对NADPH均具有良好的选择性和敏感性，但后者荧光强度（NADH-R相较于NADH-G强度增长了335倍），所以后续继续使用NADH-G进行后续实验。在硼酸酯和刃天青结合的荧光探针，通过硼酸酯对NADH的锁定和NADH上的氢作用于氮氧离子的部分，实现刃天青的部分。，实现探针的激发和NADPH对探针的还原。
2024-10-29 21:51:58
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原创 基于亲核芳烃取代胺化反应的原料药流动合成的动力学研究和基于模型的设计空间测定
该文章提出了使用胺化反应进行原料药流动合成的动力学研究和基于模型的设计空间测定。以3,4-二氟苯腈、吗啉和二氮杂双环十一烯为原料，进行流动实验合成了3-氟-4-吗啉基苯甲腈。改变浓度、停留时间、温度和反应器内径以收集动力学数据。定义了一组方程来描述质量和能量平衡，所建立的模型能够高精度地再现实验曲线。通过将雷诺数纳入指数前因子，所开发的一维模型可以解释不同内径条件下的性能变化。然后，该模型用于识别设计空间，考虑产量、温度、生产率和环境。该研究还评估了给定脉冲干扰的过程鲁棒性，这有助于确定所需的传感器监控。
2024-04-28 20:27:33
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原创 三苯基膦以及副产物的处理方式
上述两篇文章作者开发了一套可靠且可拓展的纯化方法，通过与在乙醚溶剂或甲苯中中络合去除三苯基膦。所得的的不溶性沉淀络合物很容易从粗产物中高效地去除。研究了该方法在不同溶剂中地可拓展性。此外，还探究了与其他卤化物盐络合沉淀TPPO的方法。在常见的工业应用的反应中，为了解决Mitsunobu反应或涉及产生该副产物的其他反应（Wittig,Appel,Staudinger,Corey-Fuch反应）中TPPO（三苯基膦）去除的问题，已经开发出了一系列无色谱柱的方法：①基于分离友好膦的方法。
2024-04-27 13:14:27
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原创 不对称催化（三）- 动态动力学拆分&动态动力学不对称转化
随着反应较快的底物对映体通过一个对映选择性的拆分过程不断地转化为产物，（底物的两个对映体之间的）平衡总是通过一个动态的外消旋化过程进行调节。外消旋化过程是热力学有利的，因为。的差异可以将两个对映异构体转化为不同构型的产物，通常情况下使用两个不同反应路径来实现。但是化学家们提供了一个更加实用的方法，连续不断的外消旋化过程会防止阻碍动力学拆分其中一个底物对映体的累积这一过程的发生。跟动力学拆分一样，反应较快的对映体的速率（，DKR 会比经典动力学拆分获得更高的产物对映体过量，因为。）必须比较慢的对映体的速率（
2024-04-26 18:48:12
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原创 一种基于PET和ICT的双功能荧光探针，用于同时识别活细胞中的Cys和H2S
已报道的与半胱氨酸(Cys)和硫化氢(H2S)反应的探针大多只能识别一个分析物，或者在识别半胱氨酸(Cys)和H2S时受到同型半胱氨酸(Hcy)和谷胱甘肽(GSH)的干扰。该探针还具有出色的选择性，达到识别Cys和HS−的低检测限（Cys：58.4 nM 和 HS−：81.1 nM）。（46.2 mg，0.1 mmol）和N-乙基二异丙胺（1 mL）溶于CH2Cl2 （10 mL），然后缓慢滴入4-氯-7-硝基苯并-2-氧-1,3-二唑（59.4 mg，0.3 mmol）。是根据已报道的文献获得的。
2024-04-19 20:17:03
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原创 柱层析Standard Operation Principle
尝试极性PE:EA的比值由5：1 到1：1，如若色谱上点未发生变化，再继续尝试极性DCM:MeOH由5：1 到 1：1。完全过掉一个色带之后，配制同样极性的溶剂倒入柱中，来进行清洗，然后再将接受瓶中的溶剂循环过柱（节省溶剂）。③通过多次尝试TLC检测，得出使点的Rf值最小的极性。①填充硅胶至柱的20cm，在20cm和22cm处画线。则柱层析的溶剂极性为TLC得到最小Rf值的极性。但需保证各点的Rf分布在0.1到0.9之间。②将拌样后的体系硅胶填充至22cm处。3.柱层析的溶剂循环方法。
2024-04-19 08:20:23
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原创 一种多信号线粒体靶向荧光探针，用于同时区分生物硫醇并实时可视化其在癌细胞和肿瘤模型中的代谢
生物硫醇是含有巯基的小有机分子，广泛存在于生物体中，包括同型半胱氨酸（Hcy），半胱氨酸（Cys）和谷胱甘肽（GSH）。
2024-04-17 21:01:24
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原创 不对称催化（二）—动力学拆分
随着对映选择性催化的日益重视，动力学拆分不再像之前一样受到重视。这其中原因之一是标准拆分的最大产率只有50%。然而，学术界和工业界仍然在使用拆分的事实当然说明了其有用性。动力学拆分通常是最好的选择。
2024-04-17 11:47:36
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原创 葛兰素史克公司利用QbD原理设计的关于甲磺酸卡索匹坦合成中间体分离的动态动力学方法
甲磺酸卡索匹坦(GlaxoSmithKline)是一种对中枢神经系统具有活性的药物，企业通过对生产工艺的改进确定了动态动力学分离的方法，该方法可以大大提高中间体收率，降低生产成本。在工业生产过程中，固体中间体的分离是纯化化合物的一种手段。通过动力学拆分沉淀一种对映体相较于其他分离方法更优选，通过简单的溶剂拆分相较于手性催化或者生物催化在某些场景中成本更低。
2024-04-17 10:47:36
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原创 Bioorganic Chemistry:中国药科大学王鹏课题组、陈俊青课题组设计的基于AIE机理的高荧光选择性鉴定Cys/Hcy
作者设计的探针SQM-NBD本身没有荧光，而在GSH的干扰下(GSH也可以发生Micheal加成)，探针的荧光信号可以被Cys/Hcy打开释放分子SQM-OH和Cys/Hcy-NBD，释放的SQM-OH可以继续被Cys/Hcy通过Micheal加成淬灭，实现对细胞内的Cys/Hcy的特异性定位（LOD分别为54nM和72nM）。
2024-04-09 21:57:17
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原创 不对称催化（一）-简单的不对称诱导：非催化的背景反应
对于目标生成的手性分子，通过进行的合成过程被称为不对称催化。在理想条件下，合成进行，两个路径之间具有不同的活化能。
2024-03-10 18:14:30
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原创 有机合成中的溶剂选择
溶剂指的是在一定温度下可以溶解固体，液体或者气体溶质的介质，生活中最常见到的是水，在化工生产中最常见到的是有机溶剂。最常用的有机溶剂一般来说是液态，但也有可能是固态，例如叔丁醇。
2024-03-06 19:41:00
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原创 GNN理论基础：空间域的卷积理论（待更新）
一个图可以形式定义为一个二元组：，其中是顶点（结点）的有穷集合。是边集，连接中顶点集合中的顶点的边的集合。如果中的顶点对是有序的，即中的每一条边都是有方向的，则称为有向图。如果边集没有方向则称是无向图。如果下面这个图是一个有向图，则g%28x+VEVEEG。
2024-03-05 19:55:58
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原创 动手学深度学习：LeNet卷积神经网络的构建代码逐行解读
在之前的Fashion-MNIST模型中，我们将数据集中的灰度图像28*28转化为一个个长度为784维的向量，然后通过全连接层对其进行处理。而现在，我们已经掌握了卷积层的处理方法，对于一个极大的图像不需要将极长的向量用于学习，使用卷积层替代全连接层可以让模型更加简洁、所需要的参数更少。总体来看，LeNet-5卷积神经网络由以下两个部分组成，包括。第一卷积层具有6个采样通道，而第二卷积层具有16个采样通道。在卷积编码器中包含两个卷积块，每个卷积块包含。
2024-03-04 19:07:23
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原创 动手学深度学习：卷积神经网络模型的构建以及代码解读
之前我们讨论的多层感知机十分适合处理表格数据，行对应样本，列对应特征。对于表格数据，我们寻找的模式可能涉及，但是与特征交互相关的先验结构对于高维感知数据，缺少结构的网络可能会变得不实用。再之前的猫狗分类实验中，数据集的每张照片具有百万级像素，这意味着网络的每次输入都有一百万个维度，降低隐藏层到1000，全连接层也具备个参数，训练这种模型需要耗费大量的计算资源。面对大量参数的问题，通过卷积神经网络（CNN）这种数据结构来优化模型。
2024-02-27 21:06:42
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原创 动手学深度学习：多层感知机模型的构建代码逐行解读
多层感知机是一种前向传播的人工神经网络，包含输入层、输出层以及多个隐藏层。上述的神经网络中输入层的四个输入特征不涉及计算，只有隐藏层和输出层涉及计算，故这个多层感知机神经网络的层数为2。
2024-02-22 00:03:00
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原创 Python库的架构常识（以matplotlib库为例）以及导入方式（import或from ..import...）
③如果想向现有的包中导入其他包，可以使用“from ...import...”,例如向d2l包中导入matplotlib包并且仍命名为d2l，使用“from d2l import matplotlib as d2l”。我们可以观察到子包的架构如下：__pycache__为_api的子包，__init__.py充当连接模块和包的连接文件，deprecation.py是具有一定功能的模块。②如果想要导入总包中的一个子包，以上述子包_api为例，使用“import matplotlib._api”导入。
2024-02-21 10:45:29
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原创 动手学深度学习：Softmax模型代码逐行解析
信息论的核心思想是量化数据中的信息内容。在信息论中，该数值被称为分布的熵（entropy),可以通过以下方程得到。信息论的基本定理指出，为了对从分布中随机抽取的数据进行编码，我们至少需要以纳特（nat)的数据形式进行编码。函数是组织好的，可重复使用的，用来实现单一，或相关功能的代码块。Python教程——def()函数_python中def函数的用法-优快云博客①函数代码块以def关键词开头，后接函数标识符名称和圆括号，在圆括号内可以定义传入的参数以及自变量。
2024-02-18 22:48:29
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原创 有机化学基础—芳香性
①具有环系的共轭双键。②每个碳上都有未参与杂化的p轨道且参与电子离域。③碳骨架属于平面结构。共轭（单双键交替出现）的单环多烯（环丁二烯、苯环）。
2024-02-18 10:18:00
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原创 Tetanic幸存者预测—详细代码解释
os.path.join可以获得所有子文件路径，由于os.walk获得的并不是路径，所以需要将其内容进行连接得到路径，python自带的函数os.path.join [path1[, path2[, ...]]]，其中嵌套再前面的是高级目录，后面是低级目录。os.walk是个生成器，需要遍历实现对三元组返回（root,dirs,files）,但注意，os.walk中所采用的top。numpy用于线性函数的计算，pandas用于导入csv等数据，os用于形成获得数据的路径。对于os.walk，完整定义为。
2024-02-17 13:00:38
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原创 有机化学基础—原子轨道和分子结构（轨道-形状-性质）
1. 乙烷平面结构的电子轨道解释：乙烷的2s轨道上的一个电子激发到2p轨道上形成三个sp2杂化轨道，剩下两个碳上单独的p轨道肩并肩形成Π键（假如是σ键，键于键之间的张力过大会破坏接近于120°的键角，继而无法形成平面结构）。分子作用力和相对分子质量成正比，在相同的相对分子质量的条件下，支链越多，接触面积越少，沸点越低。2.离域大Π键的影响： ①键长平均化：碳碳双键之间的键长和单烯烃双键键长相差不大，双键之间连接的单键的键长短于单键键长（双键之间的两个碳原子的p轨道重叠导致单键的键长变短）。
2024-02-14 10:51:05
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原创 JCIM2019：基于根拓扑扭转指纹图谱的PKa预测应用与机器学习方法联用筛选
RPair是一种基于原子对的原子描述符，原子对描述符的定义形式为（根原子1，与根原子相隔的化学键，原子类型（根原子的相对位置数字）），例如苄位的碳原子为（N1, 1, C2）。RPair与传统的源自对指纹的不同之处在于RPair只捕获来自根原子、距离根原子有n个键的原子对。在计算机硬盘中以idx的形式排列存储。RTorsion是一种基于路径的指纹，路径的定义形式为（根原子元素，非氢邻近的原子数-2，Π原子数量）基于构象元素（扭转角）的拓扑类似物与标准拓扑扭转指纹的不同之处在于它包括。
2024-02-13 09:01:11
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原创 具备Python基础的Java快速通关手册（Python不涉及的知识）
①局部变量：在方法、构造方法、或者语句块中定义的变量为局部变量。②成员变量：定义在类中，方法体以外的变量。③类变量：声明为static类型，在类中，方法体以外的变量。
2024-02-11 11:13:30
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原创 AIDD笔记（持续更新）
①受体模型的建立：大分子结构的获取，蛋白质结构的准备时虚拟筛选的第一步，可以从PDB库直接下载。（也可以同源建模所得）。包含四个步骤，受体模型的建立、小分子库的产生、计算机筛选、命中化合物的后处理。
2024-02-06 20:03:25
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Bioorganic Chemistry:王鹏课题组、陈俊青课题组设计的基于AIE机理的高荧光选择性鉴定Cys/HCy
2024-04-09
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