Gephi绘制微生物网络图

已于 2022-04-16 20:16:56 修改
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分类专栏： 微生物网络分析 文章标签： java
于 2022-04-16 20:15:14 首次发布
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本文详细介绍了如何使用Gephi绘制微生物网络图，包括软件下载、数据准备与导入、调整外观等步骤。数据准备涉及R分析、基迪奥在线工具，通过边文件和点文件来构建网络图，并提供了数据格式和处理方法。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

1 软件下载

链接：https://pan.baidu.com/s/1AdfqBaJVhTOVnNMT_DglRw 
提取码：l8ne

需要注意的是，本软件的运行像Cytoscape一样也依赖JAVA，如果你的电脑没有安装较新版本的JRE，可以到官网下载安装。

JRE安装包链接：https://www.java.com/zh_CN/download/

2 数据准备与导入

2.1 软件所需数据介绍

类似于Cytoscape，网络图的数据一般有两个：边文件和点文件。

边文件edgeex.csv，如下图，主要是由成对的节点Id构成，Sourse和Target两个点连成一条线（边），边文件中也可以加入边的描述信息，比如边的id、作用类型、权重等。

点文件nodeex.csv，主要是对边文件中的“点”进

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