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原创 Github的开源项目ChuanhuChatGPT和gpt-academic，专用于学术拓展ChatGPT
专用于科研工作的拓展Tool，优化Paper润色、markdown、Tex公式双显示、代码显示功能完善、本地Python工程剖析等功能笔者的评价是，对于“能毕业”的门槛又降低了些许，特别是海外。相比于国内限制门槛，ChatGPT在国外，几乎全覆盖。虽然学校会做一定限制要求，甚至是做了反Chat工具，但是这波AI大战，学生也可以做反-反Chat工具，得用魔法打败魔法这里主要分享Github社区和Chuan Hu的开源项目，这是两个不同的开源项目，大家各自辨别PythonCSS。
2023-03-29 14:31:44
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原创 生信自学路线｜R与Rstudio的简介与下载安装教程（新手向）
摘要 本文面向生物信息学初学者，强调系统学习的重要性，建议从基础概念入手而非急于求成。文章首先推荐使用在线分析工具（如GEPIA2、UALCAN等）快速获取结果，然后详细介绍了R语言与RStudio的关系及安装步骤。对于深入学习，文章讲解了R包的四种安装方式（CRAN、本地、Bioconductor、GitHub）及常用数据格式的读取方法。作者建议新手优先学习R语言，通过官方渠道获取稳定版本，并循序渐进地掌握生物信息分析技能。全文提供了实用的工具链接和代码示例，为初学者构建了清晰的学习路径。
2025-06-16 10:16:46
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原创 R包安装报错解决案例系列｜R包使用及ARM架构解决data.table安装错误问题
有不少同学是Mac系统的，分析过程中会发现部分R包总是安装不成功，这是因为部分R包基于架构编译的，最常见的就是含的包，对于初学者都是建议linux和win去做，。mac这种半开源的封闭性系统会很折腾，除非嘿嘿嘿，能把人折磨麻了！！！！！绝大部分都是因为Apple不支持等这类，需要到的R包，必翻车。没办法，喜欢 Mac OS 得折腾！！！
2025-05-27 16:01:06
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原创 Nat.C｜代码开源！CELINA：识别空间转录组中的细胞类型特异性变异基因
摘要 《Nature Communications》发表的文章介绍了一种名为 Celina 的统计方法，用于检测细胞类型特异性空间变异基因（ct-SVGs），适用于单细胞和点分辨率空间转录组数据。Celina 通过空间变化系数模型，将基因表达与细胞类型的空间分布精确关联，并结合多核矩阵捕捉多样化的空间表达模式。在模拟分析中，Celina 在八种零假设设置下表现出良好的 I 型错误控制，并在 40 种不同空间表达模式下展现出更高的检测功效，显著优于现有方法。
2025-05-14 14:25:53
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原创 文献检索工具推荐｜让PubMed显示影响因子、分区、引用量的4个浏览器插件！
在使用进行文献检索时，没有使用任何插件的检索页面：在使用检索文献时，是否也曾被这样的困扰打断思路：文章虽多，却难以快速判断其质量？我们往往希望第一时间看到期刊的影响因子（）、，甚至引用次数等关键信息，但默认界面并不显示这些指标。这使得从成百上千篇文献中筛选出高质量文章，变得既耗时又低效。
2025-05-14 09:49:18
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原创 Fpocket是个宝藏！书接上回，好多人问到动态条件下的口袋预测
最近真的忙飞了，从五一前夕，到现在，好多事情要管，好多项目要跟。这篇着重给大家分享一下是个什么神仙工具！！上篇分享了蛋白预测的工具，有不少朋友问到关于？在此可以做到，不要再重复问了，这里统一讲解～和是一脉相承的两个工具，属于同一个工具集（.pdb.pdblist.txt.txt.pdb.xtc.dcd.trr.dx.pdb.csv.txt.pdb。
2025-05-09 10:08:40
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原创 中科院综合1区Top｜2025年成纤维细胞怎么挖掘，40个泛癌单细胞图谱做细胞衰老研究
2025年，如何衰老、如何在肿瘤中“沉默发声”，正成为研究热点。借助，从这篇文章学习一下怎么挖掘其衰老特征与调控逻辑。
2025-05-08 15:34:15
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原创 科研人福气！分享8个预测蛋白活性位点的高效工具！
在功能蛋白研究和药物开发中，准确预测蛋白活性位点（）是揭示分子机制、筛选潜在靶点的关键一步。直入主题吧，分享8个常用。
2025-05-08 15:33:19
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原创 iMeta｜代码和图像全开源！分享华大一篇IF=23的多组学微生物群的文章
肠道微生物群影响宿主的免疫和代谢，其组成和功能的变化与多种非传染性疾病有关。本文，我们使用空间转录组学、单细胞 RNA 测序和靶向胆汁酸代谢组学对无菌 (GF) 小鼠和无特定病原体 (SPF) 小鼠进行了比较，系统地评估了肠道微生物群缺失如何影响器官形态、免疫稳态、胆汁酸和脂质代谢。通过综合分析，我们发现B髓系和T/自然杀伤细胞明显异常，粘膜分区和营养吸收改变，粪便、肝脏和循环中胆汁酸谱发生显著变化，其中 GF 小鼠以替代合成途径为主，胆汁酸肠肝循环发生明显变化。
2025-03-14 09:14:58
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原创 Nature｜代码开源！衰老特征小鼠做全脑单细胞的视觉盛宴
分享一篇《》的单细胞文章，全篇从分析思路和配图都令人耳目一新，这些都极具，不过度捧杀，大家欣赏与借鉴学习一下。做组织的还是工作量不小的，多内容好堆现。
2025-03-10 09:04:35
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原创 用R语言放个烟花｜理工男的浪漫
上半年还好，下半年太忙了，近年末忙飞了。这里用R写了一个烟花html。2025力求抽空勤快更新！2024的最后一天了～2025，更上一层楼！文献解读和代码分享！还有一些好玩的东西～提前祝大家新年快乐🎉。
2025-02-22 12:09:10
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原创 建议收藏！细胞代谢中的8种RNA修饰及主流数据库，IF=40
RNA在细胞代谢中的角色远超其传统的基因信息传递功能。通过多种化学修饰，RNA不仅参与基因表达的调控，还在细胞的代谢网络和免疫反应中发挥关键作用。分享一篇总结的比较好的文章。
2025-02-21 23:51:28
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原创 代码分享｜基于R的决策树分类，HPDT模型的图像延伸分类
今天看到一篇比较有趣的文章，基于机器学习做图像分类的，HPDT。下面主要是关于文献解读和R语言的代码分析，关于PY的之前有做过一份DEMO大家可以回顾一下！
2025-01-16 14:31:50
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原创 NHANES数据挖掘｜特征变量对死亡率预测的研究设计与分析
书接上回，应各位临床或在科室的小伙伴们需求，除了多组学和算法开发外，插播关于临床护理方向的数据挖掘，今天分享两篇的分析文献。
2025-01-14 14:57:43
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原创 还是NC，项目代码开源｜scRNA+bulkRNA+因子分析验证地塞米松治疗Covid19
地塞米松是 COVID-19 危重患者的标准治疗方法，但其降低死亡率和免疫学作用的机制尚不清楚。在这里，我们对下呼吸道和血液样本进行批量和单细胞 RNA 测序，并评估血浆细胞因子分析，以研究地塞米松对全身和肺部免疫细胞区室的影响。在血液样本中，地塞米松与与 T 细胞活化相关的基因表达下降有关，包括TNFSFR4和IL21R。我们还发现几种免疫途径的表达下降，包括主要组织相容性复合体-II 信号转导、选择素 P 配体信号转导以及通过细胞间粘附分子和整合素激活进行的 T 细胞募集，表明这些是类固醇。
2024-07-04 11:02:53
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原创 14分Top刊NC代码开源｜NSCLC单细胞+空转肿瘤微环境分析
肺癌是全球第二大最常见的癌症，也是癌症相关死亡的主要原因。肿瘤生态系统具有多种免疫细胞类型。髓系细胞尤其普遍，并且在促进疾病方面发挥着众所周知的作用。在我们的研究中，我们通过单细胞和空间转录组学分析了 25 名未经治疗的腺癌和鳞状细胞癌患者的约 900,000 个细胞。我们注意到抗炎巨噬细胞与 NK 细胞/T 细胞之间存在反比关系，并且肿瘤内的 NK 细胞细胞毒性降低。虽然我们观察到腺癌和鳞状细胞癌中的细胞类型组成相似，但我们发现各种免疫检查点抑制剂的共表达存在显著差异。
2024-07-01 17:42:43
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原创 fmsb&ggradar｜复现CNS同款雷达图并且加上显著P值
背景研究发现，COVID-19的发病机制与系统性红斑狼疮 (SLE) 之间可能存在串扰，但其相互作用机制仍不清楚。我们旨在利用临床信息和这两种疾病的潜在机制阐明 COVID-19 对 SLE 的影响。方法RNA 测序数据集用于识别 COVID-19 和 SLE 之间共享的枢纽基因特征，而全基因组关联研究数据集用于描述关键信号通路的相互作用机制。最后，单细胞 RNA 测序数据集用于确定表达共享枢纽基因和关键信号通路的主要靶细胞。结果COVID-19 可能通过影响血液系统和加剧炎症反应影响 SLE 患者。
2024-06-28 17:38:15
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原创 多组学双疾病串扰怎么做？PAN-AD九个机器学习+MR+单细胞，工作量不少
背景研究发现，COVID-19的发病机制与系统性红斑狼疮 (SLE) 之间可能存在串扰，但其相互作用机制仍不清楚。我们旨在利用临床信息和这两种疾病的潜在机制阐明 COVID-19 对 SLE 的影响。方法RNA 测序数据集用于识别 COVID-19 和 SLE 之间共享的枢纽基因特征，而全基因组关联研究数据集用于描述关键信号通路的相互作用机制。最后，单细胞 RNA 测序数据集用于确定表达共享枢纽基因和关键信号通路的主要靶细胞。结果COVID-19 可能通过影响血液系统和加剧炎症反应影响 SLE 患者。
2024-06-17 10:28:27
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原创 冲12分top刊｜乳腺癌单细胞细分亚型的正确打开方式
背景：干细胞或祖细胞前体通过遗传和表观遗传程序赋予癌细胞发育可塑性和独特的细胞身份。目前仍未利用新技术对乳腺癌细胞来源进行全面表征和定位，以揭示新的亚型特异性治疗靶点。方法：我们整合了来自正常乳腺组织的195,144个高质量细胞和来自原发性乳腺癌样本的406,501个高质量细胞，以创建人类正常和癌变乳腺的大规模单细胞图谱。通过将癌细胞与参考正常上皮细胞进行对比，探索恶性细胞的潜在异质性来源。进行了多组学分析和体外和体内实验，以筛选和验证潜在的亚型特异性治疗靶点。
2024-06-12 14:05:52
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原创 DRIVEN｜15分的CNN+LightGBM怎么做特征分类，适用于转录组
呼吸暂停和呼吸不足是常见的睡眠障碍，其特征是气道阻塞。多导睡眠图 (PSG) 是一种睡眠研究，通常用于计算呼吸暂停-呼吸不足指数 (AHI)，即一个人每小时睡眠中呼吸暂停或某些类型的呼吸不足的次数，并诊断睡眠障碍的严重程度。及早发现和治疗呼吸暂停可以显著降低发病率和死亡率。然而，长期 PSG 监测是不可行的，因为它对患者来说既昂贵又不舒服。为了解决这些问题，我们提出了一种名为DRIVEN的方法，通过可穿戴设备在家中估计 AHI，并检测整个晚上何时发生呼吸暂停、呼吸不足和清醒期。
2024-06-04 11:06:21
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原创 二区5分纯生信｜单细胞+非负矩阵+AlphaFold+机器学习组合
背景： 增生性糖尿病视网膜病变（PDR）是失明的主要原因，其发病机制复杂。本研究整合单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）、非负矩阵分解（NMF）、机器学习和 AlphaFold 2 方法，探索 PDR 的分子水平。方法： 我们分析了 PDR 患者和健康对照者的 scRNA-seq 数据，以确定不同的细胞亚型和基因表达模式。NMF 用于定义 PDR 中的特定转录程序。利用 Meta-Program 1 中确定的氧化应激相关基因 (ORG)，使用 12 种机器学习算法构建预测模型。
2024-05-29 10:09:36
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原创 R包Colorfindr识别图片颜色｜用刀剑神域方式打开SCI科研配色
最近忙里偷闲，捣鼓一下配色，把童年回忆里的动漫都搬进来，给科研信仰充值吧～提取颜色之前写过一个Py的，那个很准确不过调参会有点麻烦。这里分享一个比较懒人点的R包吧，虽然会有一定误差，但是无伤大雅——colorfindr好的配色第一印象不一样，看着心情都不一样，真的，杜绝红蓝配色了吧，最近审稿还是看到不少红蓝红绿，极度审美疲劳了。
2024-05-28 13:36:47
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原创 【生信干湿结合】单细胞+BULK+空转+核苷酸代谢基因集，一个月快速发表SCI
背景结直肠癌是消化系统的恶性肿瘤，起源于结肠或直肠的异常细胞增殖，通常导致胃肠症状和严重的健康问题。核苷酸代谢涉及DNA和RNA的合成，是一种关键的细胞生化过程，对结直肠癌的进展和治疗策略有重要影响。方法在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中，采用了五种功能计算与核苷酸代谢相关的分数。利用细胞发育轨迹分析和细胞间互作分析探索不同上皮细胞的代谢特征和通信模式。通过空间转录组RNA测序（stRNA-seq）进一步验证这些发现。利用来自TCGA和GEO队列的表达谱数据构建风险模型，以优化临床决策。
2024-05-22 11:31:12
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原创 520怎么办？用R画心形函数｜来点理工式浪漫！！
不务正业一下，笛卡尔坐标系应该大家都知道，心形函数应该也略有听闻，摘抄一下GPT：关于心形函数的爱情故事虽然更多是浪漫的传说和文学创作，而非确凿的历史事实，但其中一个广为流传且感人的故事涉及到17世纪法国数学家笛卡尔（René Descartes）。传说中的爱情故事据传说，笛卡尔爱上了一位美丽的公主（有时被称为“伊丽莎白公主”）。笛卡尔希望通过一种独特而永恒的方式来表达他对公主的爱。于是，他利用他在数学上的天才，设计了一个数学方程，该方程描绘出一个完美的心形曲线。
2024-05-20 14:59:06
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原创 一篇TOP9分单细胞带入胚胎干细胞（hESC）做脑发育学的调控轨迹
神经元发育的复杂过程在生命早期就开始了，控制这一过程的遗传机制尚未完全阐明。单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 是一种有效的工具，可用于精确定位在不同细胞类型和发育阶段表现出差异表达的生物标志物。通过在人类胚胎干细胞上使用 scRNA-seq，我们的目标是识别对早期神经元发育至关重要的差异表达基因 (DEG我们的重点不仅仅是识别差异表达基因。我们努力通过富集分析来研究这些基因的功能作用，并构建基因调控网络以了解它们的相互作用。最终，这种综合方法旨在阐明控制早期人类大脑发育的分子机制和转录动力学。
2024-05-20 10:17:25
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原创 2024年了，Covid19怎么发？PANoptosis程序性死亡，抓紧上车！
2019 年冠状病毒病 (COVID-19) 已造成严重破坏 3 年。PANoptosis是一种独特的且与生理相关的炎症性程序性细胞死亡，它使 COVID-19 中的细胞因子风暴和多器官损伤持续存在。尽管 PANoptosis 在宿主防御中发挥着不可或缺的作用，但仍需要进一步研究来阐明 PANoptosis 调节 COVID-19 免疫反应和预后的确切过程。
2024-05-14 14:38:12
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原创 一区8分｜类器官方向怎么抢发好文章，药物测试离不开时序
胰腺导管腺癌（PDA）是一种致命的癌症，其特点是预后不良和发病率增加。其中绝大多数（>80%）新诊断病例被认为不适合手术切除，仅留下化疗作为唯一可行的选择，尽管其成功率仅为中等。这需要确定更好的PDA治疗选项。我们假设在PDA肿瘤中存在与癌症相关的过程的时间变化，提供了关于药物给予的最佳时间的见解 - 这个概念被称为时间疗法。
2024-05-13 11:24:41
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原创 前沿药理学｜动脉粥样硬化干湿结合，常规转录组分析+免疫组化/荧光验证
说在前面今天分享一篇很典型的诊断模型筛选标志物的生信思路，三件套筛出关键靶点，ceRNATF调控圆一圆，再加上实验验证，简单易复现。今天给大家分享一篇JCR一区，诊断模型的文章：Identification of pivotal genes and regulatory networks associated with atherosclerotic carotid artery stenosis based on comprehensive bioinformatics analysis and
2024-05-10 10:27:07
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原创 刷！简单的转录组分析+Cytoscape三小时工作量，思路易复现
背景： 炎症性肠病（IBD）经常与复杂的肠外表现相关联。炎症性肠病患者中非酒精性脂肪肝病（NAFLD）的发病率每年都在增加。然而，NAFLD和IBD之间的相互作用机制尚不清楚。因此，本研究旨在探讨IBD和NAFLD的共同遗传特征，并确定潜在的治疗靶点。材料和方法：从基因表达 Omnibus（GEO）数据库获取了IBD和NAFLD的基因芯片数据集。进行了加权基因共表达网络分析（WGCNA）以识别与IBD和NAFLD相关的数据集中的模块。使用ClueGO对IBD和NAFLD之间共享的基因进行生物学分析。
2024-05-09 17:05:42
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原创 一区9分Top｜研究AD的充分不必要条件：不同皮质区域队列数据+多组学
我们采用机器学习方法，将多个人类AD队列的高通量转录组蛋白组代谢组和脂质组数据与临床和神经病理学数据进行整合，发现了4种独特的多模态分子谱。其中一种显示出认知功能差、疾病进展速度快、生存时间短、严重神经退行性变和星形胶质增生，以及代谢组谱水平降低的迹象。我们发现这种分子谱存在于与更高的Braak tau评分相关的多个受影响的皮层区域，以及与突触相关基因、内吞作用、吞噬体和在AD早期和晚期阶段发生改变的mTOR信号通路的显著失调有关。
2024-05-06 10:44:21
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原创 SARS-CoV-2+scRNA｜找到一篇单细胞转换成伪Bulk分析的文章了
背景：尽管我们对COVID-19疾病的免疫病理学及其后续风险和严重程度的理解正在不断发展，但关于导致COVID-19感染长期肺部并发症的免疫反应的详细描述仍不清楚。很少有研究详细描述了与持续肺部症状有关的SARS-CoV-2感染后续并发症（PASC）的免疫和细胞因子谱。驱动COVID-19幸存者和PASC患者肺部后续症状的免疫系统失调仍然大部分未知。结果：为了表征肺部PASC（PPASC。
2024-04-30 11:25:25
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原创 单细胞做转移癌怎么筛选靶点和验证，学习一下这篇10分文章
背景由非小细胞肺癌（NSCLC）引起的反复发作性恶性胸腔积液（MPE）往往对传统治疗方法难以应对，并且缺乏预测性标志物。反复发作性MPE的细胞或基因特征仍然大部分不确定。方法招募了16例有胸腔积液的NSCLC患者，并根据原发性肿瘤进行相应的治疗。治疗3-6周后确定是否有反复发作的MPE。通过计算机断层扫描（CT）和细胞病理学验证了MPE的状态，并收集了基线胸腔液进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）。样本随后进行整合和分析。通过生物信息学算法推断细胞间的通讯和轨迹。
2024-04-29 11:27:50
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原创 代码分享｜GPL平台没有基因注释什么办？别慌，基因ID注释万能公式！
前因是小编在接近两年前回复了C站小伙伴一条帖子，这一年多来陆续有20几个问题，同样是问GPL没有基因注释文件怎么转换Symbol ID说实话我也不知道，如果是做大队列的话一般为了省事我直接换一个GSE，但如果这个数据集真的很好，含泪也要想办法去搞定。而且第一时间看到soft里无symbol或者GPL一般情况下，作者都会在补充文件上传已经注释好ID的表达矩阵，或者把注释文件，直接下载使用即可。第二般情况下，在谷歌检索这个GSE+symbol，或者检索GPL+gene，或者其中一个。
2024-04-28 14:10:06
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原创 单细胞+Bulk+流式｜思路清晰，衰老特征怎么验证单基因？
背景哮喘-慢性阻塞性肺病（COPD）重叠（ACO）代表了一种复杂的情况，老年人中具有哮喘和COPD的共享临床和病理生理特征。然而，ACO的病理生理学尚未被探索。我们旨在确定ACO中的主要炎症细胞，检查这些细胞内的衰老，并阐明调节衰老的基因。方法进行生物信息学分析，以调查从ACO患者肺组织中获得的公共单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据集中的主要细胞类型和细胞衰老特征。在独立的队列研究“免疫机制严重哮喘”（IMSA）中进行了类似的分析，该研究包括来自支气管肺泡灌洗液（BALF。
2024-04-26 09:30:50
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原创 bayesplot｜分享一个可视化贝叶斯模型的R包
该包主要用于贝叶斯模型的可视化分析，提供了一系列工具来帮助评估、理解和诊断贝叶斯模型。这个包特别适用于与 Stan 以及其他提供 MCMC 样本的软件如 JAGS 和 BUGS 的模型输出。后验分布图:包括密度图、直方图和区间图，用于展示模型参数的后验分布。MCMC 诊断图追踪图（trace plots）、秩序图（rank plots）、自相关图（autocorrelation plots）和转移图（transition plots），这些都是用来诊断 MCMC 算法收敛性的工具。后验预测检查。
2024-04-24 17:24:05
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原创 CMplot & rMVP | 全基因组曼哈顿图和QQ图轻松可视化！
这是一个做全基因组对SNP可视化神器了，尹立林教授写的R包。主打两个功能，曼哈顿图（Manhattan plots）和QQ图曼哈顿图：用于展示 GWAS 分析的结果，其中每个点代表一个单核苷酸多态性（SNP），点的位置表示 SNP 在基因组中的位置，而点的高度则表示该 SNP 与研究性状的关联强度（通常用 -log10(p-value) 表示）。QQ图：用于检查数据的分布是否符合期望的分布（通常是正态分布）。
2024-04-24 15:25:33
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原创 singleCellNet（代码开源）｜单细胞层面对细胞分类进行评估，褒贬不一，有胜于无
书接上回，上篇分享了作者做的基于bulkRNA的细胞分类评估工具CellNet及其更新版PACNet，现在分享的是单细胞数据的细胞分类评估工具，该工具与CellNet是同时期开发的。
2024-04-18 10:36:16
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原创 PACNet & CellNet（代码开源）｜bulk数据作细胞分类，评估细胞命运性能的一大利器
今天冲浪看到一个细胞分类性能评估的R包——PACNet，它与转录组分析方法、计算预处理方法和预处理方法产生的基因可用性无关，因此可以对细胞命运工程方案的性能进行交叉研究比较，这个是新包。CellNet先讲一下CellNet，因为新包的参考数据集也是共用的，但使用的话我们还是用PACNet哈CellNet是一个基于网络生物学的计算平台，用于评估细胞工程的保真度，并生成用于改进细胞衍生的假设。CellNet基于细胞类型特异性基因调控网络（GRN）的重建，有16种小鼠和16种人类。
2024-04-17 12:07:28
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原创 JCR一区｜同样的分析做常见病直接烂尾，换个微生物组直接发5分
引言厄美耳球虫（）感染可导致多种肠道免疫细胞的表达，引发炎症，破坏肠道稳态，并促进与不同细菌的共感染。然而，在ET感染进展过程中肠道免疫细胞与肠道菌群之间的相互作用仍不清楚。目的本研究旨在研究盲肠微生物内毒素（CME）相关基因与ET感染中肠道免疫之间的相关性，并随后确定潜在的枢纽生物标志物和免疫治疗靶点。方法通过生物信息学方法和蛋白质相互作用（PPI）网络分析，基于GSE39602数据集确定了ET感染中的差异表达基因（DEGs）和与CME相关的枢纽基因。此外，通过CIBERSORT方法分析了免疫浸润。
2024-04-15 15:56:17
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原创 R语言处理RNA等位基因不平衡（二）
RNA测序技术允许研究人员在转录组水平上精细地检测基因表达，包括等位基因特异性表达的变异。通过比较来自同一基因的不同等位基因的表达量，可以揭示细胞内遗传和表观遗传调控机制的差异。本代码通过对RNA测序数据中的读数计数进行详细分析，旨在检测和量化等位基因不平衡。通过优化统计模型来估计等位基因表达的差异，研究人员可以识别出在特定生物学条件下受到调控的基因区域。其实和DNA的处理是差不多的，只是测序到的数值水平不同，以及基因的表达有所差异。
2024-04-11 09:40:31
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空空如也
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