动植物全基因组重测序（GATK）

三个部分：①原始数据质控，②比对， ③变异检测。

质控软件（fastqc）

fastqc -t 12 -o out_path sample1_1.fq sample1_2.fq

-o --outdir:输出路径 -t --threads:线程数 

比对软件（bwa+samtools）

建立索引 index

bwa index ref.fa

比对

bwa mem ref.fa sample1_1.fq sample1_2.fq > samples.sam

samtools转换

samtools view  -b samples.sam -o samples.bam

排序

samtools sort samples.bam -o samples.sort.bam

picard 去除重复

picard MarkDuplicates -I samples.sort.bam -O samples.markedDup.bam -M file_markedDup_metrics.txt -REMOVE_DUPLICATES true

samtools index samples.markedDup.bam

变异检测（gatk）

java -jar gatk-package-4.1.9.0-local.jar HaplotypeCaller -R ref.fa -I samples.markedDup.bam -O samples.g.vcf -ERC GVCF

gvcf文件合并

ls *.g.vcf.gz > all_gvcf

gatk CombineGVCFs -R ref.fa -V all_gvcf.list -O merged.g.vcf.gz

gvcf文件转vcf文件

gatk GenotypeGVCFs -R ref.fa -V merged.g.vcf.gz -O genotype.vcf.gz