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RSS订阅原创 动手学深度学习—线性神经网络
线性回归线性回归的基本元素线性模型，损失函数，解析解，mini-batch矢量化加速少用for循环就可以了正态分布与平方损失在高斯噪声的假设下，最小化均⽅误差等价于对线性模型的最⼤似然估计。从线性回归到深度网络线性回归可以看作单层的神经网络线性回归的从零开始实现生成数据集给定权重以及偏置，生成数据。读取数据集并划分成mini-batch真实模型需要的组成部分1、初始化模型参数2、定义模型3、定义损失函数4、定义优化算法5、训练权重初始化是很重要的0初始化，随机
2021-11-19 13:31:44
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原创 动手学深度学习—预备知识
入门1、导入pytorch2、通过x = torch.arange()创建tensor，通过.shape或者.size()访问tensor形状。.reshape()可以将tensor转化为我们需要的形状，可以是2维也可以是多维的。3、torch.zeros((x,y,z))可以创建形状是(x,y,z)的全0元素张量，torch.ones((x,y,z))创建全1元素张量，torch.randn()创建目标形状的正态分布张量。4、torch.tensor([])能够直接给元素赋予特定值，torch.t
2021-11-18 11:14:22
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原创 单细胞barcode和umi的作用
每个Gel Beads 上都会有多段特殊序列，是预先制备的，我们以红色框选中的一段序列说明。Read1是上游引物。10xBarcode是一段16nt的核苷酸序列，在每一个Gel Beads中的Barcode序列都是一致的，在后面Barcode与细胞融合形成水凝珠之后，可以保证一个细胞的所有基因序列都带着相同的Barcode序列，也就可以认定这些序列来自同一个细胞。所以我们通常说Barcode序列是用来标记细胞的。UMI是一段12nt的核苷酸序列，但与Barcode序列不同的是，一个Gel Beads.
2021-09-08 10:26:14
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原创 Word2Vec
目录对比模型马尔科夫假设前馈神经网络语言模型 (NNLM)输入层困惑度循环神经网络语言模型 (RNNLM)Word2vecskip-gram损失函数cbow损失函数关键技术Hierarchical softmaxNegative samplingSubsampling of Frequent Words对比模型马尔科夫假设某一个词的出现仅依赖前面出现的几个词前馈神经网络语言模型 (NNLM)Feedfoward Neural Net Language Model首先会给每一个单词分配一个ind
2021-09-06 22:00:21
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原创 单细胞cellranger处理流程
单细胞cellranger处理流程单细胞cellranger处理代码aggr.csv的制作单细胞cellranger处理代码一套流程直接跑通！首先你要cd切换到工作目录，在cellranger定量那一步，需要更改你的reference位置，然后把下面这些代码复制到一个sc.sh文件中运行就可以了。（没提到的地方都不用改啦）mkdir SRRmkdir fastq#建立两个文件夹#下载数据prefetch -O SRR/ --option-file SRR_Acc_List.txt#SRR
2021-08-18 23:54:25
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原创 windows tensorflow安装指南
安装清单首先一定要看tensorflow官网明确自己的下载配置：我们可以看到安装tensorflow2.4.0版本需要11.0版本的CUDA，8.0.x版本的cuDNN，python版本3.6-3.8，因为你不需要源码编译就不需要管GCC了。#安装流程1.CUDA cuda下载地址2.cuDNN需要注册，有账号之后可以下载 cuDNN下载地址3.windows的CUDA安装是正常的应用安装，cuDNN安装需要设置环境变量，详细可见这篇博客4.tensorflow-gpu建议用anaco
2021-08-07 11:25:06
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原创 Linux相关操作
文章目录读取当前页面下的文件夹名称并生成list根据list并行多个文件并提交批量删除每一个文件夹下的文件读取当前页面下的文件夹名称并生成list for i in GSE*; do echo $i >> final.list; done能够生成一个list，包含以GSE开头的文件夹名称的list。根据list并行多个文件并提交批量提交一般应用于大型服务器任务，如果你的服务器是slurm提交，照抄以下代码即可，如果不是slurm提交，可以在生成之后用&批量运行。首先你需要
2021-06-12 13:12:46
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原创 从SNP_VCF文件提取SNV
文章目录前期了解文件分割(样本少可以不做)数据注释文件整合(样本少可以不做)注释的过滤前期了解VCF是测序文件的一种格式，详细记录测序样本的SNP信息，有很多介绍vcf文件内容的，在这里就不详细描述了。以下的工作主要对人类样本的SNP过滤出SNV的操作进行描述。我收到的样本是这样子的：共有24个，分别是24条染色体的.vcf.gz文件，每一条染色体的vcf文件都包含多个人的样本。文件分割(样本少可以不做)VCF测序文件可能包含有多个样本，所以需要执行bcftools脚本进行分割，首先把每一条染
2021-03-15 19:45:11
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原创 Anaconda相关操作
文章目录创建环境激活环境以及退出环境删除环境设置环境变量创建环境conda create -n your_env_name python=3.6#python可以指定版本激活环境以及退出环境激活环境：conda activate your_env_name退出环境：conda deactivate删除环境conda remove -n your_env_name --all设置环境变量...
2021-03-01 21:12:44
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原创 R Markdown生成PDF
文章目录安装需要的软件调整Rstudio设置创建Markdown创建header文件在YAML区进行更改生成PDF安装需要的软件默认大家已经安装了R以及Rstudio，首先需要安装一些包以及软件。1、CTex：下载地址2、在Rstudio的Console栏中键入：install.packages(c('rmarkdown', 'knitr', 'caTools'，"rticles"))安装这四个依赖的包。调整Rstudio设置从Tools > Global Options 打开修改一下
2021-02-28 18:32:38
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空空如也
空空如也
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