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RSS订阅转载 bwa manul page
自己记录，有空回来翻译http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlNAMEbwa - Burrows-Wheeler Alignment ToolSYNOPSISbwa index ref.fabwa mem ref.fa reads.fq > aln-se.sambwa mem ref.fa read1.fq read2.fq > aln-pe.sambwa aln ref.fa short_read.fq > a.
2021-07-01 16:40:47
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原创 WES分析流程-从fp.gz开始（一）
目录基础背景服务器：环境配置：软件：数据及存储位置：一、质量控制二、比对1. 人类基因组参考文件下载2. 创建三种索引3. 比对三、排序1. sam->bam格式转换2.排序四、标记PCR重复并建立索引基础背景服务器：linux环境配置：anaconda3python3.8openjdk version "1.8.0_282"R version 3.2.3软件：fastp 0.20.1bwa 0.7.1
2021-06-29 17:18:13
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转载 fastp manul page
转载自github开源框架fastp的操作手册，便于自己记录和查找https://github.com/OpenGene/fastp目录simple usageinput and outputoutput to STDOUTinput from STDINstore the unpaired reads for PE datastore the reads that fail the filtersprocess only part of the datado not .
2021-06-28 11:34:55
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原创 linux安装anaconda3，及相关bioconda包
生信小白第一次在linux安装conda及所需要的包，在网上查找教程的过程中遇到很多有用的，也踩了许多坑特此记录。首先，为什么要使用conda，其实生信所需的很多软件都可以下载安装，但是conda提供的集成可以帮助更方便快捷的使用，避免自己安装各个软件之间遇到的问题，比如我之前安装R和python选择的手动安装，导致R和python的嵌入一直不是很好。另外一个优点就是可以创建多个虚拟环境便于更复杂的流程切换，目前这一优点还体会不到，但是接触过生信的小伙伴应该深有体会：各个包和软件之间的兼容性问题十分让.
2021-06-25 15:42:21
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空空如也
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