外泌体相关基因肝癌临床模型预测——2-3分纯生信文章复现——1.外泌体ExRbase和肝癌TCGA数据下载

 

内容如下：

1.外泌体和肝癌TCGA数据下载

2.数据格式整理

3.差异表达基因筛选

4.预后相关外泌体基因确定

5.拷贝数变异及突变图谱

6.外泌体基因功能注释

7.LASSO回归筛选外泌体预后模型

8.预后模型验证

9.预后模型鲁棒性分析

10.独立预后因素分析及与临床的相关性分析

11.列线图，ROC曲线，校准曲线，DCA曲线

12.外部数据集验证

13.外泌体模型与免疫的关系

14.外泌体模型与单细胞测序

######################## 外泌体和肝癌TCGA数据集下载############################

外泌体数据来自ExoRbase数据库，链接如下： Homehttp://www.exorbase.org/

点击download下载：

 

下载肝癌HCC和Healthy的lncRNA和mRNA数据。注意这里的外泌体数据格式是TPM格式。

TCGA肝癌的数据在我的资源里面有，已经转化为了TPM格式，可以直接使用：

https://download.youkuaiyun.com/download/weixin_46500027/87391280https://download.youkuaiyun.com/download/weixin_46500027/87391280

也可以从网站中下载：https://lijingxian19961016.blog.youkuaiyun.com/article/details/123673522?spm=1001.2014.3001.5502https://lijingxian19961016.blog.youkuaiyun.com/article/details/123673522?spm=1001.2014.3001.5502

 但是网站下载的数据是FPKM格式，由于外泌体数据是TPM格式，所以需要进行格式转化，格式转化的代码见另一个专栏：

https://lijingxian19961016.blog.youkuaiyun.com/article/details/123721406https://lijingxian19961016.blog.youkuaiyun.com/article/details/123721406下载好的数据放在同一个文件夹中，下一节开始进行数据整理：