CESM2.1.x 在Linux集群环境下的运行尝试

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Machine/Platform

👉👉👉**曙光超算**
在这里插入图片描述

Case Create

Demo:

首先找到CESM2.1.0的操作目录

cd /public/home/XXX/software/CESM2.1/new/my_cesm_sandbox/cime/scripts
ls

若有相应的可执行文件create_newcase即可执行下一步:

./create_newcase --case Demo --res f19_g16 --compset B1850 --mach sg --run-unsupported --compiler intel

其中,--case后加本次将要创建的case名字,--compset,--res则可以在CESM官方网站中寻找相应的简写名称。只有以上三处需要更改,其余部分不要改动。

显示以下语句,即为成功。

Creating Case directory /public/home/XXX/software/CESM2.1/new/my_cesm_sandbox/cime/scripts/Demo

接下来,进行setup。

Case Setup

以新建的Demo case为例,

cd Demo
./case.setup

出现,

/public/home/XXX/software/CESM2.1/new/my_cesm_sandbox/cime/scripts/Demo/env_mach_specific.xml already exists, delete to replace
job is case.run USER_REQUESTED_WALLTIME None USER_REQUESTED_QUEUE None
Creating batch scripts
Writing case.run script from input template /public/home/XXX/software/CESM2.1/new/my_cesm_sandbox/cime/config/cesm/machines/template.case.run
Creating file .case.run
Writing case.st_archive script from input template /public/home/XXX/software/CESM2.1/new/my_cesm_sandbox/cime/config/cesm/machines/template.st_archive
Creating file case.st_archive
Creating user_nl_xxx files for components and cpl
If an old case build already exists, might want to run 'case.build --clean' before building
You can now run **'./preview_run'** to get more info on how your case will be run

按照提示,运行**./preview_run**继续下一步。

**./preview_run**

重点关注这一部分信息,后面编写脚本是会用到。同时可能会出现BATCH INFO的报错信息,可以忽略。

**CASE INFO:
  nodes: 6
  total tasks: 384
  tasks per node: 64
  thread count: 1**

接下来一步十分重要,必须在build之前完成。在shell中运行如下命令,对Macros.make文件进行编辑。

cp Macros.make Macros.make.bak
vim Macros.make

👆🏿第一行是进行备份,第二行对其进行编辑。

vim的操作十分简单,键盘点击i进入insert模式进行键入,键入完成后键盘依次点击Esc:wq进行保存。若放弃保存则依次键入Esc:q!

SUPPORTS_CXX := FALSE
ifeq 
<think>首先,用户的问题是:“我想使用.csh脚本运行CESM2模型 请问如何使用 csh 脚本运行 CESM2 模型”。这涉及到运行CESM2模型,特别是使用csh脚本。 我需要回顾系统级指令: - 所有行内数学表达式使用$...$格式。 - 独立公式使用$$...$$格式并单独成段。 - LaTeX语法正确。 - 使用中文回答。 - 生成相关问题。 - 回答中引用的段落末尾自然地添加引用标识。 在回答中,我需要参考用户提供的引用: - 引用[1]: 关于CESM1的修改初始场的问题。 - 引用[2]: 关于CESM环境部署的错误和解决。 这些引用不是直接相关的,但用户说“上述引用仅供参考”,所以我应该基于用户的问题来回答,而不是强制使用这些引用。用户的问题是运行CESM2模型使用csh脚本,所以我需要提供相关的信息。 现在,构建回答: - 回答结构清晰,帮助用户逐步解决问题。 - 尽量保证回答真实可靠。我需要基于我对CESM模型的知识来回答。CESM(Community Earth System Model)是一个复杂的气候模型,运行它通常涉及设置环境、创建案例、配置和提交作业。 关键点: - CESM2CESM的较新版本。 - 使用csh脚本:csh是C shell脚本语言,常用于UNIX环境。CESM的脚本可能使用csh或bash。 - 运行CESM2通常包括: 1. 设置环境变量。 2. 创建案例。 3. 配置案例。 4. 构建模型。 5. 提交作业。 在引用[2]中,提到了创建案例和错误,如“Unescaped left brace in regex is illegal here”,这可能与脚本语法有关。用户可能遇到了类似问题。 步骤: 1. 确保CESM2已安装和配置。 2. 使用csh脚本来自动化运行过程。 一个典型的csh脚本运行CESM2的例子: - 设置环境:source CESM的环境文件。 - 创建案例:使用create_newcase命令。 - 配置案例:修改env_run.xml等文件。 - 构建:调用cesm_setup和build命令。 - 运行:调用submit命令。 在引用[2]中,有错误如“Unescaped left brace”,这可能是因为在正则表达式中使用了未转义的花括号,这在某些shell中是个问题。用户使用csh,所以需要注意语法。 回答结构: - 介绍基本步骤。 - 提供一个简单的csh脚本示例。 - 解释如何修改和运行。 - 处理常见错误。 最后,生成相关问题。 用中文回答。 大纲: 1. **介绍**:简要解释运行CESM2的步骤。 2. **详细步骤**: - 设置环境。 - 创建案例。 - 配置案例。 - 构建和运行。 3. **csh脚本示例**:提供一个示例脚本。 4. **常见问题**:基于引用,讨论可能的错误和解决。 5. **相关问题**:生成几个相关问题。 确保引用:在回答中,自然地添加引用标识。例如,如果提到引用[2]中的错误,添加[^2]。 现在,生成csh脚本示例。 示例csh脚本: ```csh #!/bin/csh -f # 设置环境 source /path/to/cesm2/cime/scripts/Tools/cesm_env.csh # 创建案例 set case_name = "my_case" set res = "f19_g17" set compset = "B1850" ./create_newcase --case $case_name --res $res --compset $compset --mach my_machine # 切换到案例目录 cd $case_name # 配置案例 ./cesm_setup # 修改配置文件(可选) # 例如,修改env_run.xml # xmlchange STOP_OPTION=nmonths,STOP_N=12 # 构建模型 ./$case_name.build # 提交作业 ./$case_name.submit ``` 注意:实际路径和选项需要用户根据系统修改。 在引用[2]中,有错误“Unescaped left brace”,这可能与create_newcase命令中的选项有关。在示例中,避免使用可能导致问题的字符。 相关问题: 1. 如何修改CESM2案例的初始条件? 2. 运行CESM2时遇到环境错误如何解决? 3. CESM2CESM1运行脚本上有何区别?</think>### 如何使用 csh 脚本运行 CESM2 模型 运行 CESM2 模型时,使用 csh (C Shell) 脚本可以自动化环境设置、案例创建和作业提交流程。以下是详细步骤,基于 CESM 官方文档和常见实践[^2]。假设您已安装 CESM2 并配置好基础环境(如编译器、依赖库)。 #### 步骤 1: 准备 csh 脚本框架 创建一个新文件(如 `run_cesm2.csh`),添加以下内容。脚本分为环境设置、案例创建、配置修改和作业提交四个部分: ```csh #!/bin/csh -f # 描述: 用于运行 CESM2 的 csh 脚本示例 ### 1. 设置环境变量 # 加载 CESM2 环境配置 (根据实际路径修改) source /path/to/cesm2/cime/scripts/Tools/cesm_env.csh ### 2. 创建案例 set case_name = "my_cesm2_run" # 案例名称 set resolution = "f19_g17" # 网格分辨率 (例如 f19_g17) set compset = "B1850" # 组件集 (例如 B1850 表示 1850 年气候) set machine = "your_machine" # 机器名称 (如 yellowstone, docker) # 创建新案例 ./create_newcase --case $case_name --res $resolution --compset $compset --mach $machine if ($status != 0) then echo "错误: 创建案例失败!" exit 1 endif ### 3. 配置案例 cd $case_name # 进入案例目录 # 运行自动配置 (解决常见环境问题) ./cesm_setup if ($status != 0) then echo "警告: cesm_setup 可能未完全成功,检查日志!" # 引用[2]中提及的模块缺失问题 endif # 可选: 修改配置文件 (例如 env_run.xml) # xmlchange STOP_OPTION=nmonths,STOP_N=12 # 设置模拟时长 ### 4. 构建和提交作业 # 构建模型 ./$case_name.build if ($status != 0) then echo "错误: 模型构建失败!" exit 1 endif # 提交作业 ./$case_name.submit echo "作业已提交,使用 'qstat' 检查状态" ``` #### 步骤 2: 运行脚本 1. **赋予执行权限**: ```bash chmod +x run_cesm2.csh ``` 2. **执行脚本**: ```bash ./run_cesm2.csh ``` 3. **监控日志**: - 输出日志位于 `$case_name/run/` 目录。 - 错误信息通常记录在 `cesm.log.*` 文件中。 #### 常见问题与解决 - **环境配置错误**: - 若出现类似 `Unescaped left brace in regex` 的错误(引用[2]),检查脚本中正则表达式语法,确保特殊字符(如 `{ }`)已转义。例如: ```csh # 错误示例: ./create_newcase -confopts _D_P16 # 正确示例: ./create_newcase -confopts "_D_P16" # 添加引号避免语法冲突 ``` - 若提示模块缺失(如 `posix module not found`),在脚本开头添加模块加载命令: ```csh module load posix # 引用[2]中类似问题 ``` - **初始场修改**: - CESM2 允许通过 `user_nl_cam` 文件修改初始条件(如 `pertlim` 参数),无需手动复制目录(引用[1])。 - **权限问题**: - 确保脚本在 CESM2 安装目录的 `scripts/` 子目录中运行。 #### 验证运行 - 成功运行时,作业队列中可见任务(使用 `qstat` 或 `bjobs`)。 - 输出文件生成于 `$case_name/run/`,包含气候变量数据(如温度、降水)。 通过此脚本,您可以高效自动化 CESM2 运行流程,减少手动操作错误。建议首次运行时在测试环境中验证[^2]。
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