ggalign：热图等复杂组合图及图形数据对齐的 ggplot2 扩展

ggalign

一个 R 语言绘图工具 ggplot2 的高级扩展，它专注于在多个图形之间对齐观察值，利用 vctrs 包中的“number of observations”或 NROW() 函数，确保图形组织的一致性。无论是自包含排序图形的对齐，还是在多个图形中应用一致的分组和排序（如 k-means 聚类），ggalign 都可以帮助简化这一过程。

文档：A ggplot2 Extension for Consistent Axis Alignment

安装

两种方式，分别对应安装稳定版本和开发版本：

# CRAN
install.packages("ggalign")

# 或者 github
# install.packages("remotes")
remotes::install_github("Yunuuuu/ggalign")

使用

如果熟悉ggplot2的语法，那么上手使用ggalign将很容易。下面将介绍使用 ggalign 中的 ggheatmap 等实现热图可视化，用来简单理解其功能

加载工具、创建数据

library(ggalign)
set.seed(123)
small_mat <- matrix(rnorm(81), nrow = 9)
rownames(small_mat) <- paste0("row", seq_len(nrow(small_mat)))
colnames(small_mat) <- paste0("column", seq_len(ncol(small_mat)))
head(small_mat)

可以看到，ggalign所需的输入数据格式，很符合人们容易理解的热图绘制逻辑

带有聚类分支树的热图

# initialize the heatmap layout, we can regard it as a normal ggplot object
ggheatmap(small_mat) +
    # we can directly modify geoms, scales and other ggplot2 components
    scale_fill_viridis_c() +
    # add annotation in the top
    hmanno("top") +
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