缓解新手 R Packages 安装焦虑-优快云博客

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_46128755/article/details/141169699

文章目录

前言

对于一个刚学习生信和使用R的同学来说，安装 R Packages 可能算是一个小困难，因为光看 Packages 的名字，无法区分其来源是 CRAN、Github、Bioconductor、git repositories 或者 URL 等
而不同来源的 R Packages，使用的命令又有所不同，比如从CRAN 上安装，使用install.packages("packageName")、安装Github上的Packages，可以使用 devtools::install_github("hadley/devtools")，详见从 Github 安装 R packages 不完全指南、而安装 Bioconductor 的工具又要使用 BiocManager::install(DESeq2)、等等…
大概19年的时候，有个大佬发布了一个工具：pak，整合了几种不同来源工具的下载安装方式，包括从 CRAN、Bioconductor、GitHub、URL、git 存储库、本地文件和目录安装R包。
这个工具几天前还在更新维护，这里简单介绍一下使用方式，希望可以一定程度上缓解安装 R Packages 的焦虑😐

安装 pak

工具作者发布在了CRAN上，所以直接可以：

install.packages("pak")
# 或者 从github安装二进制版本，需要良好的网络 
install.packages("pak", repos = sprintf("https://r-lib.github.io/p/pak/stable/%s/%s/%s", .Platform$pkgType, R.Version()$os, R.Version()$