【解决ERROR】GDC Client Tool下载文件失败

已于 2024-03-10 15:44:21 修改
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分类专栏： 解决error TCGA数据库+病理图像WSI处理 文章标签： linux
于 2024-03-10 13:27:03 首次发布
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【TCGA】GDC Transfer Tool-UI settings(踩坑)
写代码的犄角旮瘩
03-05 1791
如果不改变设置中的Destination folder，下载后的文件会自动存放在C盘中。众所周知，C盘东西多了，会影响系统的开关机以及运行。所以，我们可以自己设置存放路径。如图，可以修改红色框中的路径：But!!!在下载了一天后，我发现我没有在我设置的路径下看到任何一个WSI文件，而且电脑也很卡，所以我去C盘找了下，果然C盘一团浆糊啊！！！这说明，我改路径，根本没有用！
【恒源智享云】在云服务器上批量下载WSIs-GDC Transfer Tool(client)
写代码的犄角旮瘩
03-03 1447
前面的步骤可以参考：但是在最后一步时，选择红色部分下载后是一个压缩包。
用GDC Data Transfer Tool下载TCGA数据集Failed问题
最新发布
Y_oon_A的博客
01-21 1999
筛选到所需数据后，因直接下载数据量太大，所以需要在下载完Manifest文件之后下载GDC Data Transfer Tool工具来下载数据，这时候只需要这个工具软件和Manifest文件即可。解压之后将gdc-client.exe这个执行程序拷贝到报错路径里，同时将gdc-client.exe这个执行程序所在的路径添加到环境变量里，就可以成功下载了。显示压缩文件有问题，但我是从官网下载的，并且重启后这个Error还是会出现，但其实并不影响下载。首先TCGA数据集我是跟着这位博主的教程下载的，附链接。
gdb下载时报错
m0_62436386的博客
03-09 1255
gdb下载时报错,以及处理.
Win10使用gdc-client下载TCGA数据集【安装使用教程】成功解决闪退问题！
weixin_45640009的博客
07-13 6910
在Win10环境中下载并配置gdc-client工具，并以TCGA白血病转录组学数据为例，讲解下载过程
从GDC下载数据集、svs无损转png
一个小男孩
04-07 3724
从GDC下载数据集参考： (8条消息) TCGA数据下载教程：使用官方gdc-client软件下载_Mr番茄蛋的博客-优快云博客_gdc-clienthttps://blog.youkuaiyun.com/qq_35203425/article/details/80882988?ops_request_misc=&request_id=&biz_id=102&utm_term=%E4%BB%8Egdc%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%BA%93%E4%B8%AD%E4%B8%8B%
kgdb+Qemu-kvm调试环境建立方法和所需的相关文件
jinhongzhou的专栏
11-17 1万+
下面描述kgdb调试环境的建立。主要是参考：http://hi.baidu.com/liu_bin0101/blog/item/133e2f1f23395803314e1561.html,其中所需要的配置文件good_config在这个网页中也可以找到。可以按照网页中给定的方法手动配置内核配置文件。 --------------------裁减步骤------------------------
IT英语4-计算机英语缩写术语
weixin_30394633的博客
04-20 8236
IT英语4-计算机英语缩写术语 1、CPU3DNow!（3D no waiting，无须等待的3D处理）AAM（AMD Analyst Meeting，AMD分析家会议）ABP（Advanced Branch Prediction，高级分支预测）ACG（Aggressive Clock Gating，主动时钟选择）AIS（Alternate Instruction Set，交...
计算机缩写术语完全介绍
打印自己
02-27 3万+
计算机缩写术语完全介绍，这应该是比较全的，有2000+多条记录，100+K的数据量，大家可以收藏之.1、CPU3DNow!（3D no waiting，无须等待的3D处理）AAM（AMD Analyst Meeting，AMD分析家会议）ABP（Advanced Branch Prediction，高级分支预测）ACG（Aggressive Clock Gati
TCGA的gdc-client的下载优化
XIAOFEI@IDO
02-11 3096
1、背景 最近，在使用TCGA数据，需要从TCGA下载数据。当数据文件数量较少的时候，为了偷懒（其实也麻烦），可以一个一个的下载。但又有时候为了获取更多的数据，我们可以通过 gdc-client 程序，基于manifest进行批量下载。 问题来了：采用gdc-client（linus）/ gdc-client.ext（Windows）download -m gdc-manifest.txt下载的时候，时常中断？？？ 2、解决办法 修改 gdc-client download 的配置文件。 2.1 查看默认配
TCGA数据集下载及gdc-client相关问题汇总
邵立智的博客
02-20 7013
本文仅针对使用过程中出现的诸多错误提示符，由于网上关于gdc-client的教程非常多，不做搬运。 1.Win 环境下的gdc-client下载与使用： 问题：ERROR: Unable to save state: [WinError 17] 系统无法将文件移到不同的磁盘驱动器。 解决方案：win环境下目前测试仅能在系统盘，即C盘运行下载，无法手动更改路径至其他，否则会报上述错误。无奈将将对应的gdc-client.exe和gdc_manifest_20210220_064649.txt 复制到C盘
请求各位大神指点，谢谢！
tylor212的博客
12-09 625
C:\Users\Tylor212\Desktop>gdc-client.exe download -m gdc_manifest_20201209_092352.txt ERROR: An unexpected error has occurred during normal operation of the client. Please report the following exception to GDC support support@nci-gdc.datacommons.io. ERR
TCGA数据下载教程：使用官方gdc-client软件下载
热门推荐
Mr番茄蛋的博客
07-02 6万+
前言 本教程涉及内容： 1. TCGA网页数据下载，检索方式 2. gdc-client软件安装和配置 3. 使用gdc-client下载TCGA数据 本教程使用原生态的TCGA官方数据下载方式，比使用第三方的工具具有数据更新快，真实的特点，当然如果觉得麻烦可以使用第三方的一些工具，单对于想要真正了解TCGA数据库的人，还是使用原生态的TCGA方式。 TCGA改版后，下载方式变得大为不...
TCGA之GDC-client工具下载安装与使用
better_strong的博客
03-24 9639
文章主要是对GDC-client工具下载TCGA数据库数据整个过程的一个记录 1.下载GDC-client工具 GDC-client工具网址：GDC Data Transfer Tool | NCI Genomic Data Commons (cancer.gov) 我这里下的是上图中红圈中的版本， 2.解压安装 从网上了解的是不能解压到带中文的路径里，解压后是一个.exe文件，为了能直接在cmd命令行下使用，将其加入系统环境： 点击新建之后，输入将文件解压到的路径，然后...
使用gdc-client下载数据
zhangyingna667的博客
04-04 4113
01、下载与安装Data Transfer Tool 1.1 软件下载地址：https://docs.gdc.cancer.gov/Data_Transfer_Tool/Users_Guide/Getting_Started/#downloading-the-gdc-data-transfer-tool 1.2 得到压缩文件后减压，得到gdc-client.exe， 注意将gdc-client.e...
TCGAbiolinks下载临床数据报错
qq_42424756的博客
08-03 3404
query <- GDCquery(project = "TCGA-GBM", data.category = "Clinical", barcode = c("TCGA-08-0516","TCGA-02-0317")) GDCdownload(query) clinical <- GDCprepare_cli...
gdc-client下载svs格式的文件，该怎么下载
12-11
要使用gdc-client下载svs格式的文件，可以按照以下步骤操作： 1. **安装gdc-client**： 首先，确保你已经安装了gdc-client。如果还没有安装，可以从[GDC官网](https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool)下载并安装适合你操作系统的版本。 2. **获取文件的UUID**： 登录[GDC数据门户](https://portal.gdc.cancer.gov/)，搜索你想要下载的svs格式文件。找到文件后，复制文件的UUID。 3. **创建下载清单文件**： 将所有需要下载的文件的UUID保存到一个文本文件中，例如`manifest.txt`。每行一个UUID。 4. **使用gdc-client下载文件**： 打开命令行终端，运行以下命令来下载文件： ```bash gdc-client download -m manifest.txt ``` 其中，`manifest.txt`是你创建的包含文件UUID的清单文件。 5. **等待下载完成**： 下载过程可能需要一些时间，具体取决于文件大小和网络速度。下载完成后，文件会保存在当前目录下的`downloads`文件夹中。
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