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nnunetv2命令行大全，包含了代码注释以及常用命令使用。

Brainstorm安装教程。

Brainstorm 是一款开源、跨平台的神经影像学分析工具，专为脑电图（EEG）、磁脑图（MEG）及功能性磁共振成像（fMRI）数据的分析和可视化设计。

BrainSuite 是另一个广受神经科学研究人员喜爱的神经影像学分析工具。与 FreeSurfer 类似，BrainSuite 的设计目标是通过高效的算法和简洁的界面帮助用户处理和分析 MRI 数据，但它更注重提供模块化、直观的操作体验。接下来，我们将详细探讨 BrainSuite 的功能、应用场景、安装方法以及常见的使用技巧。BrainSuite 是一个集成化的神经影像分析软件包，专门用于处理和分析大脑的结构性 MRI 数据。它由（南加州大学）开发，旨在为用户提供一站式的大脑影像处理解决方案。

FSL (FMRIB Software Library) 是一款开源的神经影像分析软件套件，由牛津大学的 FMRIB (Functional Magnetic Resonance Imaging of the Brain) 开发。

在配置 MNE 环境的过程中，遇到了一些技术难题。虽然最终找到了有效的解决方案，但整个过程充满了挑战。

MNE-Python 是基于 Python 的神经影像学工具包，专为处理脑电（EEG）、脑磁（MEG）和相关数据而设计。

ANTs（Advanced Normalization Tools）是一款强大的开源工具包，专注于高精度的医学影像处理和配准（registration）。

MeshLab 是一款功能全面且开源的 3D 网格处理工具，用于查看、编辑、修复和转换 3D 模型。

ITK-SNAP 是一款开源的交互式医学影像分割工具，专为快速、高精度地分割和标注三维医学影像（如 MRI、CT 和超声图像）而设计。得益于其简洁的用户界面和强大的自动化分割功能，ITK-SNAP 已成为神经科学、放射学和其他医学领域的热门工具。

3D Slicer 是一款功能全面的开源医学影像分析软件，广泛应用于影像处理、三维建模、影像配准和手术规划等领域。

`recon-all` 是 FreeSurfer 中最重要的命令之一，用于自动化处理和分析磁共振成像（MRI）数据，执行一系列的预处理、分割、配准、表面建模和标注等步骤。其目标是为大脑图像提供精确的结构性分析，包括皮层和白质的分割，皮层厚度的计算，以及大脑区域的标注等。