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RSS订阅原创 ggplot2绘制散点图进阶二
上篇文章记录了散点图如何用ggplot2包中的pch参数调整点的类型和参数col调整点的颜色以及如何按照分组绘制不同颜色的散点图，而且特别提醒大家分组属性需要转化为因子型数据，用函数factor()实现，详细参考文章https://mp.weixin.qq.com/s/pDF0DaBHuszMX2nCPVT0iQ.接下来我们继续深入学习散点图绘制：个性化设置点的颜色、形状等参数。以mtcars内置数据为例data<-< span="">mtcars[,c(3,4)]data
2021-10-20 21:11:21
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原创 真核有参转录组测序标准分析-3
今天主要介绍安装转录组分析的软件与fastqc检测测序数据的质量。conda软件安装绝大多数软件的安装都可以通过conda来进行，能省很多事情，一些依赖的软件也会自动下载。我个人的大部分软件都是通过conda来进行的（文章最后放链接）。该软件安装在服务器下进行。上传minconda3文件到账户的目录下。我不会放在账号创建的其他的文件夹下。比如（账号是lab425，文件就上传到进入账号时所在的文件夹下），如下图：然后输入bash Miniconda3-latest-Linux-.
2021-09-28 10:42:04
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原创 真核有参转录组测序标准分析-2
上篇文章主要讲述了转录组测序的上传与检测完整性，今天的内容是如何远程连接服务器并且查看测序文件的结构。补充上篇文章一般做转录组测序都会做三个生物学重复。因为大多数老师都会让学生做重复，就忘记提了。但是为了文章能够完全面对零基础的读者们，还是补充一下比较好。另外服务器IP的话，我实验室的服务器连接在路由器上，因此我直接查看路由器的设置，看看IP是啥。不知道自己服务器的IP的话，问下实验室管理服务器的人是谁就知道了。RNA-seq分析流程转录组测序数据的结构当成功上传服务器之后，就需要远
2021-09-21 11:29:04
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原创 R包ggplot2绘制散点图
R语言简介什么是R语言R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。R语言的诞生R语言是从S语言演变而来的。S语言是二十世纪70年代诞生于贝尔实验室，由RickBecker, John Chambers, AllanWilks开发。基于S语言开发的商业软件Splus，可以方便的编写函数、建立模型，具有良好的扩展性，取得了巨大成功。1995年由新西兰Auckland大学统计系的Robert
2021-09-20 13:49:31
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原创 真核有参转录组测序标准分析
本篇文章主要站在你是分析数据者的角度来讲解，一些测序建库的原理与操作我只做简要说明，甚至一笔带过。关于更多详细内容大家都可以百度了解。主要的篇幅是从公司拿到双端测序的fq.gz后的故事。准备：一台服务器，参考基因组，基因注释文件。RNA-seq简介转录组测序数据产生(简述)将表型特异的组织提取RNA，然后送到测序公司，经过质检合格后，开始在仪器中测序。数据下机，发到客户手里。转录组测序数据量与下机数据(简述)不同物种的基因数量与大小都不尽相同，因此具体情况具体
2021-09-20 13:48:40
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原创 ggplot2绘制散点图进阶（一）
散点图主要用于描述两个连续变量之间的关系，通过散点图发现变量之间的相关性强度、是否存在线性关系等。简单散点图上篇文章R语言与散点图介绍了如何用ggplot2包中的geom_point()函数绘制简单的散点图。散点图参数调整数据产生利用rnorm()函数产生符合正态分布的随机数，data.frame()函数形成数据框。a<-< span="">rnorm(150,mean =2,sd =10)#ab<-< span="">2*a+...
2021-09-20 13:47:21
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原创 最详细Endnote的使用方法
我们的电脑里有多少文献？它们都放在什么地方，如何查找？写论文的参考文献怎样输入？如何在文献里面做笔记？为了解决上述问题，我们为大家挑选了一份超级实用靠谱的Endnote图文教程。...
2020-06-14 12:47:37
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转载 R语言数据分析及可视化实战
数据科学家被认为是21世纪最性感也是最具发展前景的职业，目前有75%左右的数据科学家使用R语言，有35%左右的数据科学家将R语言作为首选统计分析工具。今天，我们来了解一下R语言的前世今生。R的诞生1992年，肉丝（Ross Ihaka）和萝卜特（Robert Gentleman）两个人在S语言（贝尔实验室开发的一种统计用编程语言）的基础上开始构思一种新的用于统计学分析的开源语言，直到1995年第一个版本正式发布。因为他们名字的第一个字母都是R，所以这门语言就被叫做R。这两个人都是统计学教授出身，再加
2020-06-12 17:13:05
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空空如也
空空如也
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