Janine_nnnnnnn-优快云博客

原创 awk 操作两个文件内容之匹配替换

先上代码 awk '(NR==FNR){a[$1]=$2;next} ($2 in a){$5=a[$2];print $0}' file1 file2 以上代码的意思是处理第一个文件时先将文件1的第一列和第二列存在数组里，处理第二个文件时将第五列替换成数组中的相对应的值 ...

2021-12-14 20:38:57 1606

原创 awk 的坑｜产生的每行最后没有换行符

本来想靠awk 产生一个简短的test文件，结果出bug出的好难受，发现问题出在我生成的test文件每一行末尾没有换行符上 awk '{print $1,$2,$3}' raw.file > test.file 加上换行符就好了 awk '{print $1,$2,$3,'\n'}' raw.file > test.file ...

2021-12-14 20:31:05 2214

那当然就是ggsci 包啦包含多种选择，先上图： Nature Publishing Group Journal of Clinical Oncology 还有很多选择，只要在ggplot2 基础上加一行代码即可搞定最后放一个教程链接 https://nanx.me/ggsci/articles/ggsci.html 再外加一些其他的包和好看的palette. https://www.r-graph-gallery.com/ggplot2-color.html ...

2021-12-09 18:38:38 1226

原创 r 语言得到list的长度，length 和lengths

length(x) Get or set the length of vectors (including lists) and factors, and of any other R object for which a method has been defined. lengths(x) Get the length of each element of a list or atomic vector (is.atomic) as an integer or numeric vector. 举

2021-12-08 22:00:29 2061

原创 r 语言用separate 将一列分割成两列的坑 Expected 2 pieces. Additional pieces discarded

当你要分割的列用的是“.”来分隔时，在separate函数中sep要设置成"\." 数据： separate(ridge_pred[1:5,],col=Resample,into = c("fold","repeat"),sep = "\\.") 分割结果：

2021-11-14 21:57:25 2528

原创 Configure: error: C preprocessor “/lib/cpp“ fails sanity check

Configure: error: C preprocessor “/lib/cpp” fails sanity check mac 安装软件时遇到问题 gcc 和 cpp fails sanity check 只要把 CC 换成 clang, CXX 换成clang++ export CC=clang export CXX=clang++ 也可以直接cofigure ./configure CC=clang CXX=clang++ po 一下各个参数 CC=‘clang’ CCDEPMODE=‘dep

2021-07-11 19:29:11 1278

原创 anaconda安装R 包和直接安装的体会

之前直接用Rstudio 安装R包就没有成功过，不过有文章说如果用conda管理的话最好就用conda 来安装R包，只要加上前缀r- , 如果是bioconductor 的包就是 bioconductor- , 安装命令如下 #先激活r的环境 conda activate r #安装r包 conda install r-package_name 但是很多包在conda中并没有，需要通过devtools 从github上来安装，看到一个先安装rstudio再绑定R 的方法 install the la

2021-04-06 20:06:09 2433

原创 anaconda 创建环境下rstudio 安装r包失败的问题

用Rstudio 安装R包老是失败，这次的报错是 /bin/sh: x86_64-apple-darwin13.4.0-clang++: command not found 解决方案：在终端输入 conda install clangxx_osx-64 export CONDA_BUILD_SYSROOT=$(xcrun --show-sdk-path)

2021-03-31 21:11:04 1693

原创 R 中实现PCA分析和画图--一文搞定

自用链接：http://www.sthda.com/english/articles/31-principal-component-methods-in-r-practical-guide/112-pca-principal-component-analysis-essentials 每一步都写的很详细，照着做下来就可以啦

2021-03-06 15:23:48 2163

原创 R 语言中正则表达式的不同（坑）

R 中的"\"要加一个"\" 来转义，如“\(”要变成"\\(", "\\"要变成"\\\\",总之用到"\"就要多加一个"\"

2021-02-22 16:43:16 184

出现installation of package ‘igraph’ had non-zero exit status，不妨换一种安装方式

今天下载bioconductor上的包安装又出错了，每次都不知道要咋解决，于是全部丢给conda 来安装 ps.我的Rstudio是用anaconda 配置的我是自己创了一个专门用于R 的环境于是 conda activate r# 我自己的环境名激活环境之后直接用conda安装包 conda install bioconductor-gep2pep 这里如果是bioconductor上的包只要加一个前缀 “bioconductor-”就行，如果就是一个r包可以直接加前缀“r-” exp. con

2021-02-09 22:01:34 2774

原创 auto encoder 自学

github上不错的教程（实例） https://github.com/minsuk-heo/tf2 （基于tensorflow）不错的博文 https://towardsdatascience.com/applied-deep-learning-part-3-autoencoders-1c083af4d798

2021-01-04 15:30:34 109

原创 R studio 快速定位代码的技巧

当我们要写很多代码的时候，回过头看之前的代码可能会有找不到的情况，在Rstudio中其实可以用一个小技巧将一个一个代码块总结起来。就是用一个注释符号# + 标题 + ------ 就可以定位啦甚至还可以折叠代码块哦点击这个小三角形就可以把这一块代码折叠起来，除了在这里显示这个你的代码标题，在代码大纲处也会显示哦今天的分享就到这里啦，欢迎关注我哦！ ...

2020-07-21 17:04:34 1239

原创 R 语言对两个数据框用t 检验（t test）

p_value <- sapply(1:nrow(sample1), function(x) t.test(sample1[x,], sample2[x,],alternative = 'two.sided',var.equal = FALSE)$p.value) 当样本储存在两个数据框中时，可以用for循环来做，也可以用上述代码的sapply，t.test有一些参数需要根据自己的需要做调整。 ...

2020-07-21 11:16:47 2035

原创 R 语言中使用filter 后行名消失问题解决

本来输入的数据框是有行名的，没想到用完filter，行名就没了。 data %<>% filter(n_cells>14) 看了一下文档，确实是会将行名悄悄删掉的文档也该出了解决办法,现将行名转换成列，之后再换回来。 data %<>% rownames_to_column() data %<>% filter(n_cells>14) data %<>% column_to_rownames() （嘻嘻，打个广告，小红书号：42306866

2020-07-15 16:19:07 1765

转载正态分布的魅力-正态分布的详细介绍，从历史源头来看正态分布

分享这篇巨好的文章，看完真的是感受到了数学的神奇，正态分布的魅力。https://songshuhui.net/archives/76501

2020-07-06 14:37:45 655

原创 sam/bam 文件官方详细解释（包含所有tags）

看很多博客也没找到某一些tags的解释 Po 一下官方的解释文档 http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf Tags 的详细解释 http://samtools.github.io/hts-specs/SAMtags.pdf

2020-06-18 14:51:36 2414

原创 pysam 读fastq文件提前结束的问题

写两条序列测试一下 fg2=gzip.open('./test.fq.gz','wb') fg2.write('@'+'CL100127242L1C001R001_0/2'+'\n') fg2.write('GAAGAGAGCTGTAAGGAAAAAGGCCACAAGTAAAAGGAGAAGCTGTTTCGTGAACCTGACTTGGTGTCCGTGTTGTTCCTGTCTCCGCCAGAGCGGAGAT'+'\n') fg2.write('+\n') fg2.write('DDDDBCDCCDCDDDDB

2020-05-26 16:57:41 636 1

weixin_44343226的博客