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原创 关于nibabel和SITK处理nii文件的区别

因为有对三维nii骨骼数据标注处理的需要,通过Arima软件分割出来的不同骨块需要灰度值处理才能在可视化软件中显现出肉眼可见的颜色区别方便进行校正、筛选或者其他的处理步骤。故重新捡起nibabel和SimpleITK来读取存储nii文件,在使用过程中发现了两个库对于nii文件的处理内部颇有些不同,在arima软件中的适配度也不一样,所以记录一下。可以看出两端基础代码只是在读取和存入的时候不同,都希望更改为1024的灰度值,且用ITK-Snap查看图片信息的min-max值都为0-1024。

2023-07-03 20:14:50 430 1

原创 nnUnet模型训练时报错:RuntimeError: Unable to find a valid cuDNN algorithm to run convolution

跑模型时报错,遂解决记录。这个错误出现原因是模型所需显存过大,GPU显存不足导致的错误,这时需要将batch-size,patch-size改小即可:64-32等。

2022-10-22 19:42:10 1153

原创 Python 3.9+Numpy 1.22.3不兼容问题

跑模型之前导入时突然报错,是python与numpy版本问题

2022-06-22 09:45:02 6721 1

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