RNA-Seq分析笔记（2）

最新推荐文章于 2022-07-20 00:44:40 发布

wyh0908

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分类专栏： RNA-seq linux

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_43960055/article/details/109587005

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本文介绍了RNA-Seq数据分析中的序列比对步骤，详细讲解了如何使用HISAT2进行序列比对，包括SRA文件的下载、分割，以及HISAT2的比对命令和结果输出。同时提到了环境变量设置的重要性。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

3. 序列比对

（1）序列下载和分割

序列下载

登陆网站https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?输入SRA序列号SRR3589956，在搜索结果页面点击Accession list下载一个TXT文件，该文件存有SRA序列号，打开文件复制其中各个SRA序列号，形成下载SRA序列的网址如下：ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR358/SRR3589956/SRR3589956.sra。注意下载地址后三项的规律性。

如果下载上百个SRR文件，手动粘贴就太累了。在Linux下可以实现一行命令披露产生下载链接。软然后批量下载SRR文件。见《SRA文件下载地址批量生成》

文件分割

使用下面命令将SRR分割开来。

fastq-dump --gzip --split-3 SRR3589956.sra; done

生成之后，结果如下：

[Biochem@qcgate step3_HISAT2]$ ls *.gz -l
-rw-rw-r-- 1 Biochem Biochem 1223462176 Nov 10 22:13 SRR3589956_1.fastq.gz
-rw-rw-r-- 1 Biochem Biochem 1243288534 Nov 10 22:13 SRR3589956_2.fastq.gz

如果没有–gzip 就不会自动生成.gz的压缩文件。带这个参数就输出gz的压缩格式，好处是节省空间，而且比对软件一般都支持。
–split-3
使用下面命令将sra文件进行分割，一般分隔为两份。也就是将双端测序分为两份，放在不同的文件，但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里。