生信豆芽菜-预后之lasso分析

木之如水

于 2023-09-06 10:45:35 发布

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文章标签： r语言数据挖掘数据分析算法机器学习

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版权

网址：http://www.sxdyc.com/lasso
一、简介
在最小二乘基础上增加了一个惩罚项来对估计参数进行压缩，当参数缩小到小于一个阈值的时候，就令它变为0，从而选择出对因变量影响较大的自变量并计算出相应的回归系数，最终能得到一个比较精简的模型。
基于glmnet包进行lasso分析，进一步压缩基因数量
二、使用方法
1、数据准备
第一个文件：行为基因，列为样本的表达谱矩阵，其实第一列不能重名；
在这里插入图片描述

第二个文件：生存数据；第一列为样本名，第二列为生存时间（可以是天/月/年），第三列为生存状态
在这里插入图片描述

第三个文件：进行lasso分析的基因
在这里插入图片描述

2、直接提交等待运行即可，默认是使用10倍交叉
在这里插入图片描述

三、结果
运行完成后即可下载
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当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析

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