【CP2K】序言&简介

最近想学习cp2k,发现这个软件的入门并不是非常简单。打算将自己学习cp2k的过程记录下来,方便自己理解和复习。也希望看到这个系列的小伙伴互勉互助,若有什么问题和文章中的疏漏错误,欢迎在评论区提出。

cp2k的介绍

cp2k的优点

cp2k是一个非常全能的软件,我学习cp2k是因为其众多的功能和开源的特性。感兴趣的部分(以下段落翻译自CP2K Summer School 2018的资料)[1]:

  • 基于DFT计算(使用GPW,也就是高斯型函数和平面波基组去做波函数近似)的结构优化,AIMD,其他性质的计算(光谱、激发态等)
  • 杂化泛函和后HF方法
  • 基于力场的经典分子动力学
  • QM/MM(融合经典分子动力学和第一性原理分子动力学的计算)

由此可见cp2k的功能非常的全面:

cp2k的缺点

那么代价是什么呢?如果cp2k做DFT拳打VASP,做MD脚踢Gromacs、Lammps,岂不是美哉?(当然不排除未来某个时间cp2k真的做到了)cp2k的缺点如下[2]:

  • 对导体的计算较慢(OT算法只适用于有带隙的体系,导体则用常规的对角化+smearing方法)
  • 处理磁性体系比较麻烦
  • K点只有单Gamma点的计算好用(因此不适用与小体系的计算)

不适合用来计算结合能(因为高斯基组会带来不完备误差)

以上cp2k的缺点都能在VASP上有较好的弥补,或许目前cp2k可以和VASP互补,作为第一性原理计算较为重要的两个软件。

^节选自 https://www.cp2k.org/_media/events:2018_summer_school:cp2k_intro.pdf

^节选自 https://www.bilibili.com/video/BV1vJ41137Cn?p=1&t=1301

CP2K的安装

由于本人学习使用的CP2K是在实验室超算平台使用,故暂时未涉及到CP2K的安装。

CP2K的学习文档

CP2K一直在发展中,目前还没有一个正式的手册,所以学习CP2K并不是一个简单的事,连自学的材料都不多。目前我所知道的途径有以下几个:

CP2K的Google Group

这里是最好的获得帮助的地方,CP2K的开发者经常在group里回复用户的问题,非常专业。常见的问题在论坛上都能找到答案。

CP2K 官方教程

目前已经举办了多次CP2K培训教程,网站(http://www.cp2k.org/tutorials http://www.cp2k.org/events)上有不少演示文稿可以下载,很多是程序开发人员做的报告。要了解CP2K,读这些文稿是很好的入门材料。

CP2K的官方手册

CP2K的官方手册(http://manual.cp2k.org/trunk/)实际上并不是“手册”,因为这个网站只是解释了各种关键词的含义以及设置,并没有教你如何使用CP2K。手册本身是从CP2K的源码直接生成的,只要下载了源码就可以在本地生成CP2K的手册。

CP2K源码包中的测试文件

最直接的例子是源码中的tests文件。CP2K源码包中的tests目录包含了各种方法的输入文件。这些输入文件并不是最适合计算的,其中测参数设置没有经过优化。但这些输入文件给了我们了解输入文件结构的途径。

另外,学会使用grep命令。当你想了解CP2K的某个关键词(keyword)时,不妨使用grep –iR keyword tests/ 命令来查看使用了该关键词的测试输入文件。仔细阅读这些输入文件,就能知道这些关键词的使用了。需要注意的是,tests目录中的输入文件主要是用来测试程序运行的正常与否,往往使用了不合理的参数,用户需要参考手册等其他资料自行进行调整。

CP2K相关的文献

有关CP2K中使用的各种方法,CP2K的网站上放了一个参考文献列表http://manual.cp2k.org/trunk/references.html

要想真正了解CP2K的原理,可以阅读这些文献。

参考文献:https://www.zhihu.com/column/c_1496140180922351616

### CP2K 软件概述 CP2K 是一种用于计算材料科学、化学和生物分子系统的开源量子力学模拟软件。它能够处理多种物理模型,包括密度泛函理论 (DFT)、半经验方法以及经典力场模拟。该工具广泛应用于研究固体、液体、表面和界面等复杂体系。 对于 QuickStep 模块,它是 CP2K 中的核心组件之一,专门设计用来执行高效的电子结构计算[^1]。尽管 QuickStep 对于堆叠对象表现出色,尤其是在启用自动禁用功能的情况下可以显著提高性能,但它在接近奇异系统中的精度表现较差。这种局限性可能会影响高摩擦接触、电机或者某些关节结构的建模效果。例如,在地面静置多条腿的机器人可能会遇到类似的近奇异情况。 关于几何构型的信息获取方面,用户可以通过查看 `CELL | A cell vector` 和 `CELL | Coordinates` 部分来提取所需数据[^2]。这些部分提供了晶胞向量定义及其内部原子坐标的具体描述,这对于设置初始条件或分析最终结果至关重要。 #### 安装与运行指南 为了正确安装并使用 CP2K,请遵循官方文档中给出的相关说明。通常情况下,这涉及以下几个方面的准备: - **依赖环境配置**: 确保已安装必要的编译器(如 GCC 或 Intel Compiler),MPI 库以及其他支持库。 - **源码下载与构建**: 可以从 GitHub 上克隆最新版本代码仓库,并按照 README 文件内的指示完成编译过程。 - **输入文件编写**: 使用特定格式创建 .inp 输入脚本,其中需指定所采用的方法论参数、目标体系大小及边界条件等内容。 下面展示了一个简单的 Python 脚本来帮助生成基础框架下的 INP 文件模板: ```python def generate_cp2k_input(): template = """&GLOBAL PROJECT test_project RUN_TYPE ENERGY_FORCE &END GLOBAL &FORCE_EVAL METHOD Quickstep ! ... additional settings ... &END FORCE_EVAL""" return template if __name__ == "__main__": inp_content = generate_cp2k_input() with open('example.inp', 'w') as f: f.write(inp_content) ``` 此函数会输出一个基本项目名称为 `test_project` 的能量力计算任务样例至当前目录下名为 `example.inp` 的新文件里。
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