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超多的数据库资源！总有一个适合你！2024《核酸研究 / NAR》数据库专刊
超多的数据库资源！总有一个适合你！走过路过千万不要错过呐！原创 2024-11-27 22:52:21 · 885 阅读 · 0 评论 -
如何判断通路是激活还是抑制呢？激活 = 上调 / 抑制 = 下调？漏！大漏特漏！
经常有小伙伴们会问到上调下调激活抑制等相关的问题，比如，富集分析结果显示通路激活就代表富集到这个通路的基因都上调了吗？并不是这样的哈！今天，咱们就掰开了揉碎了探讨一下它们！原创 2024-11-12 18:44:00 · 3998 阅读 · 0 评论 -
R高级绘图 | 不用 Cytoscape 也能绘制精美的蛋白互作（PPI）网络图啦！| STRING 网站 + R 代码
在进行 PPI 网络图绘制时，我们通常会将 **STRING 网站与 Cytoscape 软件**结合使用。但是经常有小伙伴们苦恼，不太会用 Cytoscape 软件进行处理可咋整呐！原创 2024-09-19 08:28:16 · 3565 阅读 · 2 评论 -
单细胞分析 | Seurat基础流程 | 保姆级教程
单细胞来咯！单细胞来咯！单细胞来咯！！！原创 2024-08-13 16:57:02 · 17637 阅读 · 9 评论 -
单细胞基地 | 单细胞多样本数据整合 | 两万字大干货
单细胞多样本数据整合终于来啦！原创 2024-08-13 16:36:28 · 4590 阅读 · 2 评论 -
孟德尔随机化（四）—— 终于搞定！遇到 Error in if (nrow(d) == 0) return(NULL) : 参数长度为零 该怎么办！帮你完美解决！
俺要要要终于回来啦！！！今天！咱就帮助大家解决一个困扰多日的问题！是什么呢！铛铛铛铛！就是近期大家在孟德尔随机化分析中最常遇到的或！相信大家一定遇到过！因为我发现，私信和留言，还有交流群内，都快被这个问题刷屏了，而且似乎也没有什么好的解决方案出现！这是咱们使用之前在中的方法在线从 GWAS 数据库下载数据时会遇到的情况，真是让我们一筹莫展、二脸懵逼、三阳开泰、四处碰壁、「五」可奈何、六六不顺、七上八下、「八」酒消愁、「九」命呀！咱不慌！今天！一个偶然的情况下，我突然灵光乍现！就那么一试！哎呀！果然！搞定！原创 2024-07-11 17:03:22 · 15592 阅读 · 32 评论 -
数据挖掘 | Count数据去除批次效应后不是整数甚至还出现负值导致无法进行差异分析怎么办？
很多小伙伴们遇到了Count数据批次处理后不是整数甚至还出现负值的问题，这就导致无法使用某些包包进行差异分析。那该怎么办呢？ComBat-seq帮你搞定！走！一起看看去！原创 2024-04-25 21:50:48 · 2510 阅读 · 0 评论 -
孟德尔随机化（三）—— 再也不用担心网络或其他各种报错啦 | 从数据库下载数据到本地的数据处理方法
很多小伙伴们反映在使用代码下载数据时会遇到各种网络或其他报错问题，令人头大的那种！不要慌！从数据库下载数据到本地的数据处理方法这就来啦！原创 2024-04-19 15:03:25 · 18732 阅读 · 29 评论 -
看完不会来揍我 | 孟德尔随机化（二）—— 代码实操 | 附代码注释 + 结果解读
最近真的是超超超超超超超级多的小伙伴们在咨询孟德尔随机化相关的问题和课程，意想不到的那种多！那我怎么办嘞！整呗！主打的就是一个宠粉！原创 2024-04-15 17:23:57 · 41867 阅读 · 32 评论 -
R高级绘图 | P8 | 最最最最最简单的ROC曲线绘制并计算AUC的方法
不知为何！这两天超多小伙伴们询问ROC曲线相关问题，有的小伙伴觉得ROC曲线很复杂，画起来很麻烦；有的小伙伴提到不同模型训练得到的预测结果进行ROC曲线绘制时各种格式报错；也有来自非生物医学领域的小伙伴们也用到了ROC曲线，所以前来学习！今天，咱们就给大家介绍一种最最最最最最最最最简单的ROC曲线绘制方法！不管你是什么模型跑出来的结果，咱都百搭！不仅简单，而且万能！原创 2024-04-08 20:30:12 · 4512 阅读 · 0 评论 -
看完不会来揍我 | R包的下载与安装 | 再也没有一个包可以逃出你的手掌心啦
经常会有小伙伴们在群里提到一些R包安装相关的问题，真的是五花八门的报错内容和玄幻事件！我可太懂了！！！今天，就给你们一次性解决所有R包安装相关问题！！！！！原创 2024-04-02 19:08:02 · 2616 阅读 · 0 评论 -
如何快速下载GEO数据并获取其表达矩阵与临床信息 | 附完整代码 + 注释
GEO数据库可以说是大家使用频率贼高的数据库啦！那它里面的数据怎么下载大家知道嘛！今天给大家展示一种快速获取它的表达矩阵和临床信息的方法！原创 2024-03-26 22:50:12 · 12809 阅读 · 0 评论 -
你要的个性化生信分析服务今天正式开启啦！定制你的专属解决方案！全程1v1答疑！
专属于你的个性化定制分析服务来咯！原创 2024-03-21 22:02:42 · 545 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图 | 带标签的火火火火火火火山图 | 标记感兴趣基因 | 代码注释 + 结果解读
在火山图中，我们有时候会想要标注出自己感兴趣的基因，这个时候该怎么嘞！还有还有，在添加标签时，可能会遇到元素过多或位置密集导致标签显示不全，或者虽然显示全了但显得密集杂乱，不易阅读的情况。这可咋整捏！话不多说，直接开干！（本节内容同时适用于其他散点型图表）原创 2024-03-18 20:06:11 · 11650 阅读 · 1 评论 -
怎么判断你的模型是好是坏？模型性能评估指标大全！（二）
模型性能评估指标，大家一定不陌生！很多小伙伴们都说难，但是它真的很重要很重要很重要！它会对我们的模型有很多的指导，也会给我们真正做模型的时候提供一些指导性的思想，不然我们看到别人的东西只能跟着人家的思路走，不能有自己的想法，或者说没办法去”批判“他做得好还是不好！这多憋屈呀！来！咱学！给它学得透透的！原创 2024-03-14 23:13:08 · 1647 阅读 · 0 评论 -
生存预后不显著？最佳阈值来帮你！| 附完整代码 + 注释
大家在进行生存预后分析时发现结果不显著，是不是当头一棒！两眼一黑！难不成这就代表我们的研究没意义吗？NONONO！别慌！说不定还有救！快来看看最佳阈值能不能捞你一把！原创 2024-03-13 22:29:22 · 3951 阅读 · 3 评论 -
怎么判断你的模型是好是坏？模型性能评估指标大全！
模型性能评估指标，大家一定不陌生！很多小伙伴们都说难，但是它真的很重要很重要很重要！它会对我们的模型有很多的指导，也会给我们真正做模型的时候提供一些指导性的思想，不然我们看到别人的东西只能跟着人家的思路走，不能有自己的想法，或者说没办法去”批判“他做得好还是不好！这多憋屈呀！来！咱学！给它学得透透的！今天的分析会略微包含一丢丢数学相关内容，大家不要怕！冲！当然，不了解这些也没关系，不会影响大家应用！当然，了解它们一定会让我们更开心对不啦！原创 2024-03-12 22:35:47 · 3890 阅读 · 0 评论 -
MSigDB数据库 | 富集分析需要的基因集该去哪里找？如何选择适合自己数据的基因集？
富集分析可以说是我们的老帮手了！进行富集分析，就不能不提基因集，那基因集我们该去哪里找呢？我们又该如何选择适合自己数据的基因集呢？咱们今天就来浅浅唠一唠！最常见的操作就是去MSigDB数据库找现成的基因集，当然也可以自定义基因集，那既然有现成的，我们为什么还要多此一举去自定义呢？因为呀，总会有新发现的基因集或其它感兴趣的基因的集合对不对，甚至有些物种没有现成的基因集，我们只能自制，所以在之后我会教大家怎么制作自定义基因集，有需求的小伙伴们也可以催催我哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈！！！原创 2024-03-12 15:20:31 · 8899 阅读 · 0 评论 -
你要的个性化生信分析服务今天正式开启啦！定制你的专属解决方案！全程1v1答疑！
专属于你的个性化定制分析服务来咯！！！原创 2024-03-08 16:17:14 · 701 阅读 · 0 评论 -
看完不会来揍我 | 生存分析详解 | 从基础概念到生存曲线绘制 | 代码注释 + 结果解读
大名鼎鼎的生存分析来咯！今天我就不叭叭叭了，咱们直接开始冲！（字有点多，希望大家不要嫌弃！）原创 2024-03-08 16:04:19 · 27210 阅读 · 2 评论 -
孟德尔随机化（一）| 随处可见的孟德尔随机化到底是什么？
近来咱们的各大群中，经常有小伙伴们会问到孟德尔随机化相关的问题，鉴于它的出现频率过高，咱们就不得不来唠唠喽！原创 2024-02-06 23:18:28 · 5758 阅读 · 0 评论 -
此AUC非彼AUC —— 药时曲线下面积
那这个AUC到底代表什么嘞！快来跟我一起看看吧！！！原创 2024-01-30 15:55:55 · 4554 阅读 · 0 评论 -
干货满满 | 给生信小白的入门小建议 | 掏心掏肺版
经常有小伙伴们会问到，**“我该如何入门生信”、“生信小白该怎么开始上手”、“不知道从哪里开始学”、“可以先不学R语言和Linux吗”**等等问题。其实入门这个问题叭，有点庞大，一句两句还真说不清！今天，咱们就来碎碎念一波！原创 2024-01-30 15:47:35 · 7207 阅读 · 0 评论 -
数据挖掘 | 批次效应的鉴定与处理 | 附完整代码 + 注释 | 看完不会来揍我
数据整合后，批次效应的处理是非常重要的！这里面的学问可大着呢！这不！今天！超级无敌保姆级的批次处理教程来咯！快来看看有没有新鲜的知识叭！原创 2024-01-27 22:08:59 · 7750 阅读 · 7 评论