prokka运行报错：‘contigs.fasta‘ is not a readable non-empty FASTA file in prokka docker

  由于用conda安装prokka一直失败，最后选择docker安装，但运行时报错：‘contigs.fasta’ is not a readable non-empty FASTA file in prokka docker。我使用的代码如下：

docker run staphb/prokka:latest prokka --outdir ~/prokka_out/ contigs.fasta

报错原因分析：
这主要是因为在利用docker镜像时没有将本地文件挂载到docker镜像，docker类似一个虚拟机，如果我们没有把本地文件挂载进去，docker就无法访问文件内容，就会出现如上报错。

解决方案：将本地文件挂载到docker镜像即可，运行代码如下：

docker run -v $PWD:/data staphb/prokka:latest prokka --outdir /data/prokka_out /data/contigs.fasta

代码解析：
$PWD:/data表示将当前工作目录挂载到docker镜像中的根目录下的data文件夹。
所以后续的输出文件位置和输入文件位置都设置为了/data，因为我们把当前文件夹挂载到了doker镜像中的/data，所以docker镜像中的/data就相当于本地的工作目录了。