R语言 rscript 传参数

Rscript 传参数，非常简单的方法 

例子如下 ： 

args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)

if (length(args)!=6) {
  stop("Rscript 1_compare_results.R file1 file2 outdir outname file3 file4")
} else if (length(args)==6) {
  print(paste("input1:",args[1],";input2,",args[2],",outdir:",args[3],",outname:",args[4],"input3:",args[5],"input4:",args[6],sep = ""))
} 

test脚本有6个参数，

如果不是6个参数，就停止程序 , 打印出相应的用法 

如果是6个就print出这些参数，往下运行

Rscript test.R

这里的vanilla是 不保存工作空间，不输出不必要的屏幕显示等等，不加也可以运行

ref：

https://www.r-bloggers.com/passing-arguments-to-an-r-script-from-command-lines/