本文详细介绍如何在分子动力学模拟中，通过合理设置轨迹文件的步长和输出频率，避免生成过大的nc文件。以DNA纳米管为例，演示如何使用特定命令提取关键帧并去除溶剂分子，同时更新拓扑文件，以匹配处理后的轨迹。
如果在运行分子动力学的时候，轨迹文件的步长设置的太短，或者输出文件输出的太频繁，这样会导致生成的nc文件非常大，此时可以对轨迹进行处理，提取比较少的帧。
1 假设轨迹文件共有8000帧，从第一帧到第八千帧，每4帧提取一帧。以DNA纳米管为例，加入其起始的拓扑文件为end.prmtop，跑出来的轨迹文件为prod.nc（共8000帧）。
（1）对轨迹进行处理：（并且将轨迹文件里的）
>parm end.prmtop
>trajin prod.nc 1 8000 4 （意思是读取第一帧到第8000帧，并且只是每四帧读取一次）
>trajout prod_new.nc nc
>go (此时会生成一个新的轨迹文件prod_new.nc，共两千帧)
>strip :WAT,SOL（除去轨迹文件中残基为WAT和EOL的残基）
>trajout prod_new_no_solvent.nc nc
>go（此时会生成一个新的轨迹文件，prod_new_solvent.nc，共2000帧，且没有溶剂，也就是乙醇和水）
>quit
（2）新生成的没有溶剂的轨迹文件由于没有乙醇分子和水分子，因此原子数目肯定和end.prmtop不匹配，因此我们要生成一个新的prmtop文件，可以按照下列方法进行
>parm end.prmtop
>parmstrip :WAT,SOL
（>parmbox nobox）（这一步我们不用，因为盒子还是要的）
>parmwrite out end_new.prmtop
>go
>quit
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