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原创 蛋白二级结构预测(ANN神经网络、BP算法)

蛋白二级结构预测(ANN神经网络、BP算法)前言​ 给我们上这部分课程的老师是包家立包老师,同时我也在上包老师的另一门课——计算生物学,也因此对这部分内容了解的也更多一些。对包老师也接触的更多,老师非常负责,也是少有的讲课还写板书的几位。在他的课上学到了很多关于计算的底层原理,算一算可能学了半本信息论、贝叶斯公式、神经网络和隐含马尔可夫的模型和应用。希望以后还有机会继续向老师学习。蛋白质...

2019-12-31 00:29:23 4038

原创 R语言绘图实战(myteacher:ZJU陈铭老师。所有的内容均来自对陈老师上课的整理)

R语言绘图实战(myteacher:ZJU陈铭老师。所有的内容均来自对陈老师上课的整理)R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境,是一门用于统计计算和作图的解释性语言,受S语言和Scheme语言影响发展而来,属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。R语言具有免费、开源(GPL)的特性商业版本:SPLUSUNIXLINUXWINDOWSMA...

2019-12-26 19:58:24 1435

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完整的可执行文件,在dist目录下 蛋白质的二级结构指的是氨基酸链中对应的每个氨基酸的结构,主要分为八类H、B、E、G、I、T、S、Blank。实际上在做的时候只采用三级分类:H、E、C,分别代表helix , sheet , coil。我们要做的就是通过海量的数据(已知的蛋白序列和其对应的二级结构)进行机器学习,把神经网络的模型完善,也就是将每个神经元的权值调整到最合适。使得对二级结构未知的蛋白质序列能够实现较高准确度的预测。

2020-01-18

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蛋白质二级结构预测 数据的来源:# Training set for study of secondary structure of globular proteins by # Ning Qing and Terry Sejnowski. # Copyright (C) 1988 by Terrence J. Sejnowski. Permission is hereby given to # use the included data for non-commercial research purposes. Contact The # Johns Hopkins University, Cognitive Science Center, Baltimore MD, USA for # information on commercial use.

2019-12-31

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