差异表达基因变化倍数_EmpiReS：可变剪切差异分析

EmpiReS: Differential Analysis of Gene Expression and Alternative Splicing

尽管绝对定量在高通量测量中具有挑战性，但条件之间的特征变化通常可以高精度确定。因此，倍数变化的分析是标准方法，但是通常需要对变化的变化进行双重差分分析。差异性可变剪切是双重差异性分析的一个例子，即，基因的不同同工型在条件之间的倍数变化。EmpiRe是一种基于生物学对象适当特征的倍数变化的各种组学数据的定量方法。这些倍数变化的经验误差分布可从“重复测量”中估算出来，并用于量化特征倍数变化及其方向。我们使用模拟数据评估EmpiRe检测应用于RNA-Seq的差异表达基因的性能。在几乎相同的召回水平下，它比已建立的工具具有更高的精度。此外，我们通过无分布模拟和经过实验验证的剪接事件，通过亚型倍数变化(EmpiReS)的变化，评估了选择性剪接基因的检测。EmpiReS为基于不同生物学数据集的仿真提供了最佳的精度调用值。我们建议EmpiRe(S)作为一种通用的，定量的，快速的方法，具有很高的可靠性，并且在(双)差分分析中灵敏度和精度之间具有良好的平衡。