在医学图像标注领域,有多种软件可供选择,其中包括 ITK-SNAP、3D Slicer 和 Mimics 等。
ITK-SNAP 是一款功能强大的医学图像标注工具。可从官网下载(建议最新版):http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php?n=Downloads.SNAP3。它支持多种图像格式的导入,如 dicom、nifity 等。导入图像可采用拖拽、或者 File->Open Main Image 两种方式。载入此前标注的 mask 文件可从菜单栏 Segmentation->Upload Segmentation 选择 mask 文件载入,或者直接拖拽进软件窗口。该软件具有设置和导入导出标签的功能,从菜单栏 Segmentation->Label Editor 进入界面,可手动修改 label 命名。在勾画病灶区域时,可通过 Tools->Color Map Editor 调整图像窗宽窗位,选择画刷和画笔两种工具进行标注。标注后还可进行修改、删除操作,以及调整病灶的标签。最后可从菜单栏 Segmentation->Save Segmentation Image 保存结果。
3D Slicer 是开源的跨平台医学影像视觉化和三维重建软件。现在最新的 3D slicer 是 4.10.2 版本,官网可以免费下载:https://download.slicer.org/。安装时路径不能有中文,电脑用户名也最好不是中文。读取数据时,将包含.dcm 文件序列的文件夹直接拖入 3D Slicer,导入文件路径不能有中文。3D Slicer 中的 Segment Editor 与 Legacy/Editor 都可以对三维体数据中的 ROI 进行矩形标签框注。标注过程中,每个流程都可能会出现问题,建议先随意地标记几张 slice,然后导出保存。当整个流程没有出现问题时,再开始正式地标记。
Mimics 是 Materialise 公司发明的一种医学影像控制系统,是模块化结构的软件。可以根据用户的不同需求有不同的搭配。Mimics 软件在医学中应用广泛,其三维重建和可视化模块,可以让医生对薄层 CT 体数据集在三个正交平面浏览,进一步对感兴趣区进行三维重建,还能