R语言画图 |geom_violin()

最新推荐文章于 2024-10-18 08:36:59 发布

今天也是个妖精头子呀

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分类专栏： R语言绘图文章标签： r语言开发语言

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这段代码展示了如何在R中使用ggplot2库创建图表时，通过设置factor的level顺序控制图形显示的顺序，并利用RColorBrewer包解决颜色不足的问题。通过设定`chromState`变量的因子级别和调用`colorRampPalette`函数，代码实现了颜色的连续渐变效果，使得视觉呈现更加丰富。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

参考链接：http://www.sthda.com/english/search/search.php#results

data<-read.table("stat_length_chromState.txt")
library(ggplot2)
colnames(data)<-c("length","chromState")
data$chromState<-factor(data$chromState,levels = c("1_TssA","2_TssAFlnk","3_TxFlnk","4_Tx","5_TxWk","6_EnhG",
                                                         "7_Enh","8_ZNF/Rpts","9_Het","10_TssBiv","11_BivFlnk",
                                                         "12_EnhBiv","13_ReprPC","14_ReprPCWk","15_Quies"))
library(RColorBrewer)
colourCount = length(unique(data$chromState))
getPalette = colorRampPalette(brewer.pal(9, "Set1"))

p <- ggplot(data, aes(x=chromState, y=log10(length),fill=chromState)) + 
  geom_violin()+
  scale_fill_manual(values = getPalette(colourCount))+
  theme_minimal()
p