GO、KEGG富集分析工具是OmicShare最受欢迎工具之一,每天都有大量用户在使用,近两年引用SCI近80篇。由于用户量猛增,开始发现一些生信小白因为数据准备问题而得不到结果。
今天就为大家详细介绍富集分析的数据准备,以及富集分析工具的使用。本文的示例工具为动态GO、KEGG富集分析工具(另两个方法完全一样),如下,用到的数据准备软件:Excel。
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使用已有的背景基因文件
数据准备如果研究物种是有参考基因组的模式物种,比如人、水稻、拟南芥、小鼠、大鼠、斑马鱼、鸡、秀丽线虫和果蝇,那么可以直接选择工具内建的背景基因文件,你只需要准备一个目的基因ID列表(感兴趣的目的基因,比如差异基因)即可,如下。
基因列表可以使用Excel整理,gene id类型需转换为Ensembl ID,关于gene id的分类和相互转换请参考《常用数据库基因ID格式整理》和《推荐一款好用的基因ID转换工具》这两篇文章。
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