PseAAC特征提取实现

本文详细介绍了如何对protein序列进行PseAAC特征提取,包括使用在线server版和本地版的方法。server版提供多种编码方式,但仅支持20种氨基酸。若需批量处理,推荐使用本地版,尤其是Pse-in-One-2.0的Python2.7版本,需安装numpy依赖并根据文档操作。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

本文主要介绍对于protein序列的PseAAC特征编码
第一种方法,直接用server版:
http://bioinformatics.hitsz.edu.cn/Pse-in-One2.0/server/
这里面啥编码方式都有,基本都是针对序列数据的,可以对DNA和RNA以及protein实现编码
protein的界面如下(在这个里面可以选择编码方式,以及该类型编码所需要的参数。):
在这里插入图片描述
值得注意的是,目前server版的,只是支持目前20种氨基酸的编码,不能对补位的氨基酸符号进行编码
第二种,本地版:
如果想要批处理,那肯定得用本地版,server版肯定不得行,会限制你提交的序列数量
目前一共有三种代码版本。
No.1 git版本1,折腾我一下午,不得行,有兴趣的可以研究研究,这个是C语言版本的,最大的问题在于,他写的这个readme是针对新版本的,而他使用

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