本文介绍了在使用samtools检查bam文件质量和mybatis进行IN查询时可能遇到的问题及解决方案。在使用samtools的plot-bamstats时可能会遇到gnuplot缺失、库未安装或软件版本不兼容的错误。通过conda安装或降级samtools版本，以及补充必要的依赖，可以解决这些问题。此外，文章还提到除了samtools，qualimap也是一个用于质控的工具。在mybatis中使用IN查询时可能会遇到报错，需要排查并解决。
今天是生信星球陪你的第540天
大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~
就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~
这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！
豆豆写于2020.2.14
在做数据比对后，会得到bam文件，那么这个比对的结果如何呢？需要检查一下，检查的方法一般是用samtools自带的命令，另外还有用qualimap。我们今天来看看容易报错的samtools 命令
首先需要得到一个统计结果
一般在进行统计这一步之前，比对好的bam会进行sort和index，下面这个脚本是为了应付多样本循环操作的，只需要制定好fq
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