ggplot2箱式图两两比较_作图进阶067篇ggplot2中标注显著性

本文介绍了如何在ggplot2的箱式图中展示两组或多组数据的显著性差异。通过引入ggsignif包,可以方便地在箱线图上直接标注显著性标记。示例展示了如何生成箱线图,然后使用geom_signif进行显著性比较,调整参数如p值显示、对比条高度等,以避免图例重叠。文章提供了一个简单的例子,帮助读者理解如何在实践中应用ggsignif进行两两比较的显著性标注。

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  ggplot2中的显著性标记 生活科学哥-R语言科学 2020-08-01  5:36 最近由于工作的原因,有一段时间没更新了,今天是周末,早上就是没睡着,起来写点东西,今天来讲一讲显著性的标记。

提出问题

  显著性值p是一个很常见的事。比如我们在对比两组或者是多组数据时,对于两组而言,会做Two Sample T Test,然后给出一个p值,判断两者差异的显著性。在ggplot2中,两组数据对比时,我们常用的,就是boxplot,那么,如何在作出两组或者多组的boxplot的同时,标记出显著性的数据呢?别急,这可以直接采用一个叫ggsignif的包。工欲善其事,必先利其器,先安装:

install.packages("ggsignif") 
5528e53bfa0619b2f02d4160b67b3882.png

生成boxplot图

     为了举例,我们生成一组数据,假设有三个人,分别叫A,B,C,对他们的身高数据进行测试,各测了10次,所以有如下:

library(ggplot2)library(ggsignif)set.seed(100)dfc(p1c(p1

04eb9899857cb32291d47155fa53e136.png

5528e53bfa0619b2f02d4160b67b3882.png

   作了上面的图之后,我们就可以开始进行显著性的比较了。

直接叠加

 只要如下:

p1+geom_signif(comparisons = list(c("A","B"),c("B","C")),map_signif_level = FALSE,y_position=190)

31950961a2319bbe401ea7a86c9d2d0d.png

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