blast备忘录

最新推荐文章于 2025-09-10 17:59:49 发布

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#python

本文讨论了使用Biopython及较新版本ncbi-blast+进行序列比对时遇到的问题，特别是关于hitstrand为-1时的序列头部覆盖不完全现象，并介绍了如何通过blasttable等格式直接获取查询覆盖率(qcovs)和最佳匹配片段(HSP)覆盖率(qcovhsp)。

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1、假如 hit strand 为 -1，那么，常见序列头部覆盖不完全的现象。

不知道有没有办法避免，或者有没有互补的办法？

2、Query coverage

Question: Biopython - calculating query coverage and Identity
Tiling HOWTO
较新版本的 ncbi-blast+ 的 blasttable 等格式可以直接输出 qcovs, qcovhsp。

3、缩写

HSP: High-scoring Segment Pair

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