1、列表包括数据库名称、表型、是否能下载到基因型(genotype)、是否能下载到GWAS结果文件(P值、效应值、SNP位点)。目前收集到的有如下:
参考到这些数据库的文献:Genome-wide association study identifies 74 loci associated with educational attainment
2、The Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA) :该数据拥有个体水平的基因型和表型数据,需要申请,已经有人做过GWAS了,数据库连接:https://www.ddbj.nig.ac.jp/jga/index-e.html
3、ExAC,不提供个体水平的genotype,但提供vcf、CNV、coverage等。表型只提供已经发表过的表型,比如二型糖尿病。
ExAC涉及的population和样本数:
Population |
Male Samples |
Female Samples |
Total |
African/African American (AFR) |
1,888 |
3,315 |
5,203 |
Latino (AMR) |
2,254 |
3,535 |
5,789< |