GWAS研究可利用的数据库(持续更新)

1、列表包括数据库名称、表型、是否能下载到基因型(genotype)、是否能下载到GWAS结果文件(P值、效应值、SNP位点)。目前收集到的有如下:

参考到这些数据库的文献:Genome-wide association study identifies 74 loci associated with educational attainment

 2、The Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)  :该数据拥有个体水平的基因型和表型数据,需要申请,已经有人做过GWAS了,数据库连接:https://www.ddbj.nig.ac.jp/jga/index-e.html

3、ExAC,不提供个体水平的genotype,但提供vcf、CNV、coverage等。表型只提供已经发表过的表型,比如二型糖尿病。

ExAC涉及的population和样本数:

Population

Male Samples

Female Samples

Total

African/African American (AFR)

1,888

3,315

5,203

Latino (AMR)

2,254

3,535

5,789<

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