环状DNA序列

最新推荐文章于 2022-06-18 02:57:18 发布

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原文链接：http://www.cnblogs.com/cliviazhou/p/3815853.html

本文介绍了一种确定环状DNA序列最小字典序的方法。通过从序列的不同起点构建新序列，并使用比较函数确定这些序列间的相对大小，最终找到整个环状序列的最小字典序表示。

大意：

一个DNA序列是环状的，这意味着有N个碱基的序列有N种表示方法（假设无重复）。而这N个序列有一种最小的表示，这个最小表示的意思是这个序列的字典序最小（字典序的意思是在字典中的大小比如ABC<ACB,B<BCD,EF<G)

方法：在一个序列中从任意两个位置开始，产生的序列的大小是可以比较的。然后利用这种比较方法找出最小值

#include <iostream>
using namespace std;

#define MAX 105

int lessthan(char s[],int p,int q)   //一个序列从p开始和从q开始的大小
{
    long len = strlen(s);
    for(int i = 0;i<len;i++)
    {
        if(s[(p+i)%len] != s[(q+i)%len])
            return s[(p+i)%len]<s[(q+i)%len];   //比较大小
    }
    return 0;
}

int main()
{
    int t;
    cin>>t;
    while(t--)
    {
        char s[MAX];
        cin>>s;
        long n = strlen (s) ;
        int flag = 0;
        for(int i = 0;i < n;i++)  //相当于找出数组中最小的元素
        {
            if(lessthan(s,i,flag))
                flag = i;
        }
        
        for(int i = 0;i<n;i++)
            cout<<s[(flag+i)%n];
        cout<<endl;
    }
}