高通量测序中,reads、contigs、scaffold之间的联系

本文介绍了测序拼接过程中的基本概念,包括read、contigs、scaffold等,并解释了singleton和unigene的概念。这些术语常见于de novo拼接过程中。

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read:测序时,产生的较短的原始序列叫read

contigs:有多个reads通过片段的重叠,组装成一个更大的read,称为contigs

scaffold:多个contigs通过片段的重叠拼接成更长的scaffold;

从上面的解释来看,可以发现这些命名应该比价常出现在de novo拼接当中。

一个contigs组装之后,鉴定发现是编码蛋白的基因,就叫做singleton

scaffold,经鉴定发现它是编码蛋白的基因,就叫做unigene

转载于:https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7501436.html

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