samtools的一些问题

最新推荐文章于 2024-04-01 13:43:47 发布

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原文链接：http://www.cnblogs.com/zhengzh/p/8343382.html

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本文讨论了在使用samtools进行排序操作时遇到的一些常见错误及解决办法。例如在内存不足或核心文件生成时出现的问题，以及如何避免这些错误的发生。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

samtools在内存与core大量使用时容易出错：如

samtools sort: failed to create temporary file "TCGA-B0-5117-01A-01R-1420-07/hisat2_result/tmp.0000.bam": Cannot send after transport endpoint shutdown

33662 Aborted (core dumped) | samtools sort -@12 - $1/hisat2_result/$1.sort

[bam_merge_core] fail to open file TCGA-A3-3313-01A-02R-1325-07/hisat2_result/TCGA-A3-3313-01A-02R-1325-07.sort.0026.bam

这并不是命令出错

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安装Samtools、BCFtools、HTSlib详细步骤

zhengzaifeidelushang的博客

08-05

1146

Samtools是一个用于处理和分析DNA序列比对数据（SAM/BAM格式）的软件工具包。它提供了一系列命令行工具，用于将SAM/BAM格式文件进行排序、索引、过滤、统计和转换等操作。Samtools还提供了一些API，可以用于编程语言（如C或Python）中处理SAM/BAM格式数据。Samtools和BCFtools都在内部使用HTSlib，但这些源代码包含了它们自己的htslib副本，所以它们可以独立构建。至此完成安装Samtools、BCFtools、HTSlib的安装。

Samtools - Duplicate Marking

12-09

578

对于主要读取，此定义与 Picard (v2.10.3) 和 Biobambam2 (bamstreamingmarkduplicates v2.0.57) 中使用的相同。这些工具在确定重复时都不使用补充数据。然而，与 Picard 不同的是，复制模板中的补充读取默认情况下不会在 Samtools 中修改其标志。重复被定义为具有多个对齐的 5' 坐标匹配的模板。对于双端模板，这需要两个主要读取具有匹配的 5' 坐标。当检测到重复时，整体最高质量的模板将被保留，所有其他模板都设置重复标志。

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samtools error

weixin_30530523的博客

07-16

497

Samtools merge 时出错：弄了个软链接，如图2，使用链接过去的文件时出现图1的错误，主要是软链接的时候没有全部提供绝对路径。出现以下错误，是因为事先没提前对bam文件进行sort,genomeCoverageBed中的输入文件同样需要经过排序，如若是bed，则须用sort排序，如若是bam，则用samtools sort进行排序。 Sam...

【Error】samtools sort: fail to open “merged.sorted.bam.tmp.1020.bam“: Too many open files

youfeng_xjy的博客

10-18

1459

服务器中一个进程允许打开的文件数量是有限的，也即运行过程中生成的.tmp文件数是有限的，而samtools sort默认使用内存是768M（见-m参数）。我用的服务器是1024个文件数，但由于我没有管理员权限，没有办法改。因此，当一个bam文件太大的时候，sort过程生成的文件数就会超出限制。-m 4G时，一个.tmp文件大约是1.3-1.4G，-m 3G时，一个.tmp文件大约是1.1G，-m 5G时，一个.tmp文件大约是1.8G。所以另一个思路就是增加允许的tmp文件的大小，修改-m参数。

samtools sort: truncated file. Aborting

single0202的博客

09-15

4340

samtools sort的时候报错：经搜索是上一步用nohup导致文件中多了一行 https://www.jianshu.com/p/cf19e2185920

admixture 报错 Size of G: 324x13928 Segmentation fault (core dumped)

邓飞----育种数据分析之放飞自我

06-22

1536

admixture 运行示例数据报错： dengfei@DESKTOP-PJ6RTVA:~/admixture_linux-1.3.0$ ./admixture hapmap3.bed 3 **** ADMIXTURE Version 1.3.0 **** **** Copyright 20...

samtools sort fails when using too many tmp files

GeekFocus

07-05

1352

error： samtools sort: fail to open "****.sorted.bam.tmp.1020.bam": Too many open files increase the RAM allowance for samtools sort (with -m 1500M or -m 2G, for example) such that there are fewer (larger) temp files to merge command : samtools sort -m 2

samtools 报错及debug

zqyhyunbin111的博客

01-09

1633

使用samtools index，但是提示文件没有sort，很奇怪，文件明明是sort过的？？？后来发现是sort 的方式不对，原先的文件是按照name 进行sort的，index参数只能对pos排序的文件进行sort.

samtools 1.7

03-20

samtools源代码. ./configure --prefix=/usr/local && make && make install 安装

Samtools

最新发布

03-11

这些问题能帮助用户更深入地使用Samtools，并解决实际中可能遇到的问题。最后，确保所有步骤都符合用户的要求，使用中文回答，格式正确，LaTeX语法无误，行内公式用$符号，独立公式用$$。同时检查引用，引用[2]和...

samtools用法

小青儿的生信小课堂

12-16

2593

文章目录samtools命令indexing功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入 samtools命令 sa...

Error in value[[3L]](cond) : failed to open BamFile: failed to load BAM index

weixin_30920513的博客

09-11

1453

CHIPQCs是一款好用的分析chipseq测序质量的软件,但是在说明文档中，作者有很些东西没有提到，在真正使用过程中，很从一出错。1.bam文件必须是sort过的文件，在同一目录下，还需要bam文件sort后的bam文件存在，否则会报错转载于:https://www.cnblogs.com/zhengzh/p/9630417.html...

Liunx samtools sort 报错 Bus Error 解决

HTTTThyhu的博客

05-03

1558

Liunx Bus Error报错求助！！之前使用时没有问题，突然使用samtools sort 就报错了 [hhh@mn02 4.Mapping]$ samtools sort -@ 10 input.bam > prc.sorted.bam Bus error 求大佬们指点一下！不明白怎么突然就这样了 ...

samtools sort: failed to read header from “-“

weixin_54434521的博客

04-01

2053

报错原因：fastq中有序列的第二行序列和第四行序列质量的长度不一致，导致错误比。

运行中的程序突然出现"Killed"原因

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最近在做性能测试，大量数据进行测试时进程突然中止，出现 "Killed" 提示。 [root@Thor msg]# ./Msg Killed 查阅资料发现了原因：原因：程序内存上限超出后被kill掉 Linux 内核有个机制叫OOM killer(Out Of Memory killer)，该机制会监控那些占用内存过大，尤其是瞬间占用内存很快的进程，然后防止内存耗尽而自动把该进...

添加头文件的报错failed to emit precompiled header 的解决办法

agongcao9295的博客

04-02

7075

在buildsetting中的以下两个路径中添加对应的设置，重现编译即可解决，stackoverflow地址：点击 Solution:1 I added$(inherited) non-recursivetoSearch Path -> Header Search Paths2 Then added${PODS_ROOT} recursivetoSearch Path...

BWA比对及Samtools提取目标序列

weixin_56827666的博客

05-13

6284

今天想看一下自己的序列里面会不会有某细菌基因组存在，主要使用BWA和Samtools：bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对。主要包含三种比对算法：backtrack、SW和MEM，第一种只支持短序列比对（<100bp），后两种支持长序列比对(70bp~1M)，并支持分割比对（split alignment）。MEM算法是最新的也是官方推荐的。BWA-MEM 是一种新的比对算法，用于将测序 reads 或者组装后 contigs 比对至大型参考基因组，例如人参考基因组。它会自动选择局部比

samtools sort -@ 4 -t CB -O BAM -o $new $idsamtools排序原理过程

生信小博士的博客

03-26

5221

读取每个小文件的第一个read，将它们按照位置大小排序，选出最小的一个read，将该read写入输出文件中，并从对应的小文件中读取下一个read，并继续进行排序，重复此过程直到所有read都被排序。因此，在进行单细胞的scvelo分析时，通常需要对BAM文件进行排序，以确保后续的数据分析结果的准确性和可靠性。读取每个小文件的第一个read，将它们按照位置大小排序，选出最小的一个read，将该read写入输出文件中，并从对应的小文件中读取下一个read，并继续进行排序，重复此过程直到所有read都被排序。