【UVa】760 DNA Sequencing

最新推荐文章于 2017-08-11 11:56:51 发布

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CC 4.0 BY-SA版权

原文链接：http://www.cnblogs.com/DrunBee/archive/2012/07/11/2586005.html

本文详细介绍了一种高效的字符串匹配算法，包括其核心数据结构和算法流程。通过实例演示了如何使用该算法来解决两个字符串间的最长公共子串问题，并提供了完整的C/C++实现代码。

  1 #include<cstdio>
  2 #include<cstring>
  3 #define MAXN 660
  4 char s[MAXN];
  5 int wa[MAXN],wb[MAXN],wv[MAXN],ws[MAXN];
  6 int sa[MAXN],height[MAXN],rk[MAXN];
  7 inline bool cmp(int *r,int a,int b,int L)
  8 {
  9     return r[a]==r[b]&&r[a+L]==r[b+L];
 10 }
 11 void SA(int n,int m)
 12 {
 13     int i,j,p,*x=wa,*y=wb,*t;
 14     for(i=0;i<m;i++)
 15         ws[i]=0;
 16     for(i=0;i<n;i++)
 17         ws[x[i]=s[i]]++;
 18     for(i=1;i<m;i++)
 19         ws[i]+=ws[i-1];
 20     for(i=n-1;i>=0;i--)
 21         sa[--ws[x[i]]]=i;
 22     for(j=p=1;p<n;j<<=1,m=p)
 23     {
 24         for(p=0,i=n-j;i<n;i++)
 25             y[p++]=i;
 26         for(i=0;i<n;i++)
 27         {
 28             if(sa[i]>=j)
 29                 y[p++]=sa[i]-j;
 30         }
 31         for(i=0;i<m;i++)
 32             ws[i]=0;
 33         for(i=0;i<n;i++)
 34             ws[wv[i]=x[y[i]]]++;
 35         for(i=1;i<m;i++)
 36             ws[i]+=ws[i-1];
 37         for(i=n-1;i>=0;i--)
 38             sa[--ws[wv[i]]]=y[i];
 39         for(t=x,x=y,y=t,x[sa[0]]=0,p=i=1;i<n;i++)
 40             x[sa[i]]=cmp(y,sa[i-1],sa[i],j)?p-1:p++;
 41     }
 42 }
 43 void Height(int n)
 44 {
 45     int i,j,k;
 46     for(i=1;i<=n;i++)
 47         rk[sa[i]]=i;
 48     for(i=k=0;i<n;height[rk[i++]]=k)
 49         for(k?k--:0,j=sa[rk[i]-1];s[i+k]==s[j+k];k++);
 50 }
 51 bool OK(int n,int len,int mid)
 52 {
 53     int i,j;
 54     for(i=1;i<=n;i++)
 55     {
 56         if(height[i]>=mid)
 57         {
 58             for(j=i;j<=n&&height[j]>=mid;j++)
 59             {
 60                 if(sa[j-1]<len&&sa[j]>len||sa[j-1]>len&&sa[j]<len)
 61                     return true;
 62             }
 63             i=j-1;
 64         }
 65     }
 66     return false;
 67 }
 68 int main()
 69 {
 70     int n,len,low,high,mid,i,j,k;
 71     bool first=true;
 72     while(~scanf(" %s",s))
 73     {
 74         if(first)
 75             first=false;
 76         else
 77             putchar('\n');
 78         len=strlen(s);
 79         s[len]='#';
 80         scanf(" %s",s+len+1);
 81         n=strlen(s);
 82         SA(n+1,'z'+1);
 83         Height(n);
 84         for(low=0,high=n;low<high;)
 85         {
 86             mid=(low+high)>>1;
 87             if(OK(n,len,mid))
 88                 low=mid+1;
 89             else
 90                 high=mid;
 91         }
 92         low--;
 93         if(low)
 94         {
 95             for(i=1;i<=n;i++)
 96             {
 97                 if(height[i]>=low)
 98                 {
 99                     for(j=i;j<=n&&height[j]>=low;j++);
100                     for(k=i;k<j;k++)
101                     {
102                         if(sa[k-1]<len&&sa[k]>len||sa[k-1]>len&&sa[k]<len)
103                             break;
104                     }
105                     if(k!=j)
106                     {
107                         for(k=sa[i];k<sa[i]+low;k++)
108                             putchar(s[k]);
109                         putchar('\n');
110                     }
111                     i=j-1;
112                 }
113             }
114         }
115         else
116             puts("No common sequence.");
117     }
118     return 0;
119 }