这篇博客介绍了如何在Linux环境下利用phylip软件从SNP数据构建NJ进化树。首先，下载并安装phylip软件，然后下载测试数据并进行预处理，包括转换格式和修改样本ID。接着，使用vcf2phylip.py脚本将vcf文件转化为phylip所需格式。最后，通过运行seqboot、dnadist、neighbor和consense等程序来构建和分析进化树，得到的结果文件constree可以用于绘图展示。
1、下载、安装 phylip软件
wget http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz
tar -xzvf phylip-3.697.tar.gz
cd phylip-3.697/
cd src/
make -f Makefile.unx install
安装成功的标志。
可执行程序在exe路径下：
2、下载测试数据 ，提取一小部分进行测试：
链接：https://pan.baidu.com/s/1VxgJK5asCEjukOeA1V5rlg
提取码：e69n
head -n 5 test.ped | cat - a && mv a test.ped
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