UVa 1368 DNA Consensus String

最新推荐文章于 2023-12-02 15:58:17 发布

原创最新推荐文章于 2023-12-02 15:58:17 发布 · 990 阅读

0 ·

CC 4.0 BY-SA版权

本文介绍了一种算法，用于从多个固定长度的DNA序列中找到一个新序列，该序列与所有给定序列的Hamming距离之和最小，并且在有多解的情况下选择字典序最小的那个。通过统计每个位置上出现次数最多的碱基来实现。

/*
   给定m个长度为n的字符串，使得Hamming距离尽量小
   Hamming指两个字符串对应位置字符不同的个数
   有多解，求字典序最小的字符串 
*/
#include<stdio.h>
#include<string.h>
#include<iostream>
#include<algorithm>
using namespace std;

char map[1010];


struct node
{
    int A;
    int C;
    int G,T;   
}a[1010];
int main()
{
  int n,m;
  int i,j,t;
  scanf("%d",&t);
  while(t--)
  {
  scanf("%d%d",&m,&n);
  char ans[1010]={};
  memset(a,0,sizeof(a));
  for(i=0;i<m;i++)
  {
    scanf("%s",&map);
    for(j=0;j<n;j++)
    {
      if(map[j]=='A')
        a[j].A++;
      else if(map[j]=='C')
       a[j].C++;
      else if(map[j]=='G')
       a[j].G++;
       else
       a[j].T++;
     }
   }
    int count=0;
    int max;
    
    for(j=0;j<n;j++)
    {
      max=a[j].A;
      ans[j]='A';
      if(a[j].C>max) {max=a[j].C;ans[j]='C';}
      if(a[j].G>max) {max=a[j].G;ans[j]='G';}
      if(a[j].T>max) {max=a[j].T;ans[j]='T';}
      
    //  printf("%d+++%d ++++%d\n",m,max,m-max);
      count+=(m-max);
      
    }
     //ans[m]='/0';
    
    printf("%s\n%d\n",ans,count);
    
}
    
  //  for(;;);


  return 0;    
}