余丁，微生信-优快云博客

转载【项目文章】机器学习+单细胞测序揭示圆锥角膜治疗新靶点

圆锥角膜（KC）是一种常见的角膜扩张性疾病，也是全球角膜移植的主要原因，而其发病机制目前尚不完全清楚。为揭示其发病机理，上海第九人民医院眼科团队联合纽科生物团队对这一难题展开攻关。研究表明，圆锥角膜的发生发展可能与线粒体功能异常相关。为此，联合团队以 KC 细胞的线粒体为研究切入点，获取了转录组学数据，并鉴定出差异表达基因。之后分析其潜在的功能通路和蛋白质互作网络（PPI），再用多种机器学习算法筛选并验证其中找到的枢纽基因ACSL4。

2025-06-27 16:06:58 56

转载【项目文章】多组学短快平发文——测序技术助力发现角膜瘢痕重要因子

角膜是眼屈光面的重要组成部分，它为视网膜成像提供了最重要的屈光能力，也保护了眼内组织免受外部损伤。当角膜受伤之后，人体会启动复杂的角膜基质再生过程，而在基质再生的过程中，很有可能因为再分化的细胞纤维化发展导致了角膜瘢痕的形成和不可逆的视力受损。目前，眼角膜损伤只能通过眼角膜手术进行治疗，而这项工作可能为眼角膜的药物治疗实现突破。

2025-06-27 15:39:25 39

转载客户文章：从ac4C修饰到胃癌致病机制，NAT10的潜力与突破

胃癌一直是全球范围内致死率极高的恶性肿瘤之一，尽管近年来治疗手段不断进步，但对于中晚期胃癌患者来说，整体预后仍不理想。在上篇推文中，我们聊到ac4C修饰在绝经后骨质疏松（PMOP）中的研究进展。今天，我们一起来看一看ac4C在癌症领域，尤其是胃癌中的研究是怎样展开的。

2025-06-16 12:04:21 36

转载【客户高分文章：IF40.8】外泌体传递促焦亡miRNA--驱动心脏损伤的肇事因子

乳腺癌是全球女性健康的主要威胁，而现如今乳腺癌的治疗方式已经显著进步。对于接受化疗的乳腺癌患者，她们往往会遇上新的困境，面临来自心血管疾病（CVD）的并发症的威胁。化疗药物可诱导各种形式的心脏毒性，包括急性和延迟性毒性，表现为心力衰竭、高血压、心律失常、心包炎和其他心脏疾病。

2025-06-10 13:16:21 32

原创代谢组数据上传攻略：手把手教你从零搞定Metabolomics Workbench！

还在为代谢组数据存储和共享发愁？本文为你带来最全上传指南——从注册账号、填写元数据，到数据上传、审核反馈，一步步教你获得专属DOI号，让数据可追溯、可引用！

2025-06-09 17:17:16 850

原创在线临床指标分类信息表转甜甜圈矩阵图

在临床研究中，临床指标分类信息表记录了患者的年龄、性别、肿瘤分期等关键信息。为了高效分析这些信息，可采用甜甜圈矩阵可视化方法。甜甜圈图中每个扇区代表该变量的一个类别。这种可视化方式能清晰呈现不同分类变量的分布和关联，便于快速识别数据中的模式和差异。

2025-05-28 10:37:45 986

原创在线绘制Nature Biomedical Engineering同款基因排序图

基因排序点图是基因表达分析的可视化利器。它按基因倍数变化从大到小排序，清晰呈现表达差异显著的基因。结合颜色编码 p 值，可直观判断基因表达变化的统计学意义，助力高效筛选关键基因。

2025-05-27 13:57:37 568

原创在线绘制单核苷酸多态性SNP密度图

《PLoS One》文章“Genome-wide association study of cassava starch paste properties”fig 2的SNP密度图展示了18条染色体1Mb区间内的SNP数。行是染色体，不同的颜色表示不同的SNP密度，灰色表示没有SNP，绿色表示密度较低，红色表示密度最高。从这张图可以直观地看出SNP的分布情况，为疾病研究提供思路。

2025-04-21 14:55:08 724

原创在线绘制Cell Metabolism同款多组配对连线散点图

《Cell Metabolism》文章“A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation”fig 2E的多组配对连线散点图展示了iWAT中5个感兴趣基因（Ucp1、Cidea、Fasn、Acacb、Adrb3）的相对表达水平。左侧灰色为Cre-组，右侧蓝色为Cre+组，共12个样品，每个样品以直线连接Cre-样品和Cre+样品。从图中可以直观地看出Cre+组的基因表达水平相对较高，并且显著

2025-04-18 15:16:04 492

原创微生信更新与服务器切换指南：开启在线作图新征程！

由于升级和备案，3月17日起访问地址有所变动，请访问：http://113.44.3.163 直至备案完成具体请查阅以上微生信更新与服务器切换指南，一起开启在线科研绘图新征程！

2025-03-14 16:26:50 1471

原创生信入门第十三课：RNA-seq原始数据上传到GEO数据库详细步骤

生信入门第十三课：介绍了RNA-seq原始数据上传到GEO数据库详细步骤

2024-12-24 10:17:50 619

原创生信入门第十二课：用Cytoscape绘制PPI网络图并使用cytohubba识别hub基因

简要介绍了用Cytoscape绘制PPI网络图并使用cytohubba识别hub基因

2024-12-24 08:51:16 874

原创生信入门第十一课：基因集富集分析（ Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）原理和R代码

简要介绍了：基因集富集分析（ Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）原理和R代码

2024-11-26 23:16:05 605

原创在线绘制Nature Communication同款双色、四色火山图，突出感兴趣的基因

火山图通常使用三种颜色分别表示显著上调，显著下调和不显著。通过为特定的数据点添加另一种颜色，可以创建双色或四色火山图，从而更直观地突出感兴趣的数据点。

2024-11-26 23:09:58 1490

原创 Fastq文件的Q30能达到100%吗？且看Cell文章的神操作

最近在进行ac4C-seq数据分析时，从GEO上下载了Cell文章“Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency”的原始数据，发现GSM2724031这个原始文件的Q30竟然是100%。于是总结下，供大家参考。

2024-11-24 22:51:48 956

原创在线绘制Nature Communication同款双X轴富集分析结果条形图+折线图

下方X轴展示富集结果p值，上方X轴以不同的颜色展示基因数。这种双X轴的展示方法不仅避免了图表的单一性，还使得富集结果的展示更为精确和直观。

2024-11-24 22:40:42 747

原创生信入门第十课：Clusterprofiler GO和KEGG富集分析R代码详解

本文详细介绍了如何使用clusterprofiler R包进行GO和KEGG富集分析，并绘制常见的气泡图，条形图，cnet网络图等

2024-11-21 09:11:31 674

原创发表学术论文必知：贡献者角色分类Contributor Role Taxonomy（CRediT）

CRediT（Contributor Role Taxonomy）是一种为论文署名诚信问题提供解决方案的分类体系。它通过将研究者在论文发表过程中扮演的不同角色进行明确分类，使得每位参与者的具体贡献得以清晰展现。这种方法不仅促进了科研诚信，确保了署名顺序的合理性，还有助于公正地评价每位作者的实际贡献。

2024-11-18 22:46:43 1101

原创给热图矩形加个标注--在线绘制带任意文字、符号标注的热图

在聚类热图中，除了颜色编码外，添加文本信息可以提供更精确的数据解释。例如直接在热图的方块内标注p值显著性，从而使得数据的显著性水平一目了然，有助于研究者更快速、准确地理解数据背后的含义。

2024-11-18 10:59:51 1058

原创在线绘制cancer cell同款双向条形图展示富集结果

将上调和下调pathway富集结果以双向条形图的形式在一张图中展示，不仅优化了绘图空间，还通过对称布局增强了图片的美观性。

2024-11-11 23:01:58 777

原创在线绘制带community的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图

分子相互作用网络图揭示了细胞内部分子间的复杂相互作用。通过识别网络中密集连接的节点所形成的社区（community），可以揭示它们之间以前未知的功能联系。这些社区可能代表了具有共同功能的功能模块，对于理解细胞生物学过程、疾病机制以及药物靶点的识别具有重要的科学和临床价值。

2024-11-11 22:56:02 1766

原创 GeneToList – 基因名转换（ID convertion）网络服务器

随着高通量组学技术的日益流行，处理它们所产生的数据集变得越来越困难，因此需要借助于编程语言或者在线服务器，将一个数据库中的基因名转换成另一个数据库中的基因名

2024-11-07 23:42:12 1230

转载科研好帮手：空间转录组质控报告自动化工具解析

空间转录组学作为一种前沿技术，能够在空间维度上揭示基因表达的复杂图谱，已经成为揭示生物体内细胞异质性的重要手段。随着空间转录组技术的飞速发展，我们能够在亚细胞分辨率和大视野下研究基因的空间表达分布。然而，尽管新技术为科研带来了巨大的潜力，但同时也伴随着重大挑战，尤其是在测序深度和大样本测序质量方面的不均匀性。因此，对数据进行系统的质量评估和过滤，成为了确保空间转录组数据可靠分析的第一步。

2024-11-07 23:25:52 232

原创在线绘制带颜色标注的大脑脑区图

大脑是人体最为复杂的器官之一，由多个功能特化的脑区构成。每个脑区承担着特定的生理和认知功能。通过应用定量数据映射技术，将数值以色彩编码的形式呈现于各个脑区，可以显著增强对不同脑区定量信息的视觉识别和理解。

2024-11-07 11:45:23 1490

原创生信入门第九课：PCA、相关性、热图和火山图及代码详解

简介：介绍了PCA，相关系数，热图，火山图中各个元素的意义，并提供了使用R语言绘制这些图的详细代码。

2024-11-06 11:48:38 278

原创使用pathview在线渲染KEGG Pathway Map，给感兴趣的基因、化合物添加颜色

通过将用户提供的基因表达定量数据，化合物定量数据映射并渲染到相关的KEGG通路图上，能够帮助我们直观且系统地研究基因、酶、化合物间的关系。

2024-11-03 12:17:51 934

原创测序公司给的分析报告中为什么没有Ensembl GTF注释版本？

在做RNA-seq等测序分析时，通常会用到Ensembl的GTF基因注释文件，它有不同的版本。我们调研了十几家测序公司的报告，令人惊讶的是，在报告中明确说明GTF版本的公司几乎没有，甚至个别公司连基因组版本都没有明确说明。本文以human为例，比较了不同版本GTF所包含的基因情况，以帮助大家更好地理解基因注释的变化。

2024-11-01 21:00:00 653