WeilingDu的博客

Incorporating biological structure into machine learning models in biomedicine Introduction 将生物医学知识纳入机器学习模型可以揭示嘈杂数据中的模式，并有助于模型解释。 生物知识可以采取多种形式，包括基因组序列，途径数据库，基因相互作用网络和知识层次结构，例如基因本体论。 Sequence models 方法概述 早期的神经网络模型主要将人工参与的序列特征作为全连接神经网络的输入。 将2D空间中附近的图像像素或者线性

MRCNN: a deep learning model for regression of genome-wide DNA methylation Motivation DNA甲基化的过程是在DNA甲基转移酶（Dnmt）作用下向胞嘧啶选择性地添加一个甲基以形成5-胞嘧啶。 在哺乳动物基因组中，70-80％的CpG二核苷酸都有甲基化现象。 CpG甲基化对基因表达等方面有影响。 全基因组DNA甲基化的测定是研究其影响的基础。 Related Work WGBS：可以实现基因组甲基化模式的系统级分析。但是具