绘制每个病人或样本的raidomics signiture图和ROC曲线图的Python实现
在医学研究中,绘制病人或样本的raidomics signiture图以及ROC曲线图是评估生物标记物(biomarker)的重要手段。本文将介绍如何使用Python实现这两种图表的绘制。
- 前置准备
在开始之前,请确保您已经安装了以下Python库:
- pandas
- numpy
- sklearn
- matplotlib
您可以通过在命令行运行以下命令来安装这些库:
pip install pandas numpy sklearn matplotlib
- 绘制raidomics signature图
raidomics signature图通常通过绘制基因表达谱(gene expression profile)进行生成。我们首先需要获取数据,并将其转换为一个包含基因表达谱的pandas数据帧(dataframe)。这里我们将使用sklearn自带的癌症数据集,其中包含了569个乳腺癌样本的30,000个基因的表达谱。
from sklearn.datasets