Samtools - Duplicate Marking

重复标记

重复被定义为具有多个对齐的 5' 坐标匹配的模板。对于双端模板，这需要两个主要读取具有匹配的 5' 坐标。坐标基于读取相对于参考的未剪切位置。读取还需要匹配方向。当检测到重复时，整体最高质量的模板将被保留，所有其他模板都设置重复标志。

对于主要读取，此定义与 Picard (v2.10.3) 和 Biobambam2 (bamstreamingmarkduplicates v2.0.57) 中使用的相同。这些工具在确定重复时都不使用补充数据。然而，与 Picard 不同的是，复制模板中的补充读取默认情况下不会在 Samtools 中修改其标志。