18、Burrows - Wheeler 索引相关技术解析

Burrows - Wheeler 索引相关技术解析

1. 批量定位查询算法

在处理批量定位查询时，我们有如下算法：

算法 9.2：批量回答多个定位查询

此算法旨在将 pairs 列表中的 (ik, pk) 对转换为对应的 (SAT#[ik], pk) 对，可能会改变 pairs 列表中对的顺序，时间复杂度为 $O(n log σ + occ)$，空间复杂度为 $O(occ · log n)$。

输入

• pairs 列表：包含 occ 对 (ik, pk) ，其中对于所有 $k \in [1..occ]$，$ik \in [1..n]$ 是 SAT 中的位置。
• 位向量 marked[1..n] ：对于所有在 pairs 中至少出现一次的 $ik$， marked[ik] = 1 。
• 字符串 $T = t_1 · · · t_n$ 的 Burrows - Wheeler 变换：其中对于所有 $i \in [1..n - 1]$，$t_i \in [1..σ]$，且 $t_n = #$，带有计数数组 $C[0..σ]$ 并支持 $rank_c$ 操作，$c \in [0..σ]$。

输出

可能经过