Tombo安装和使用教程

本文档详细记录了如何成功安装和使用Tombo,一个用于检测DNA modification的三代测序数据分析工具。针对Tombo安装过程中的依赖问题,提供了创建conda环境、安装numpy等步骤,并强调在使用前需将multi-fast5格式转换为single-fast5格式,适用于处理bonito basecalling产生的数据。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

0. 引言

Tombo是nanopore开发的从三代测序数据中检测DNA modification (DNAmod: Home) 的工具。其他工具还有nanoraw,nanomod,deepmod,signalalign等。由于tombo的安装对依赖包版本的要求比较严格,所以写下本人终于成功的辛酸泪水,供大家避坑。

参考文献:DNA methylation-calling tools for Oxford Nanopore sequencing: a survey and human epigenome-wide evaluation | Genome Biology | Full Text

 

1. 创建新的conda环境

conda create -n tombo python=3
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