本文档详细记录了如何成功安装和使用Tombo，一个用于检测DNA modification的三代测序数据分析工具。针对Tombo安装过程中的依赖问题，提供了创建conda环境、安装numpy等步骤，并强调在使用前需将multi-fast5格式转换为single-fast5格式，适用于处理bonito basecalling产生的数据。
0. 引言
Tombo是nanopore开发的从三代测序数据中检测DNA modification (DNAmod: Home) 的工具。其他工具还有nanoraw，nanomod，deepmod，signalalign等。由于tombo的安装对依赖包版本的要求比较严格，所以写下本人终于成功的辛酸泪水，供大家避坑。
参考文献：DNA methylation-calling tools for Oxford Nanopore sequencing: a survey and human epigenome-wide evaluation | Genome Biology | Full Text
1. 创建新的conda环境
conda create -n tombo python=3
最低0.47元/天 解锁文章
扫一扫
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
