Tombo安装和使用教程

最新推荐文章于 2025-03-22 02:47:18 发布
原创 最新推荐文章于 2025-03-22 02:47:18 发布 · 1.4k 阅读 · 1 ·
CC 4.0 BY-SA版权
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
文章标签：

#python

本文档详细记录了如何成功安装和使用Tombo，一个用于检测DNA modification的三代测序数据分析工具。针对Tombo安装过程中的依赖问题，提供了创建conda环境、安装numpy等步骤，并强调在使用前需将multi-fast5格式转换为single-fast5格式，适用于处理bonito basecalling产生的数据。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

0. 引言

Tombo是nanopore开发的从三代测序数据中检测DNA modification (DNAmod: Home) 的工具。其他工具还有nanoraw，nanomod，deepmod，signalalign等。由于tombo的安装对依赖包版本的要求比较严格，所以写下本人终于成功的辛酸泪水，供大家避坑。

参考文献：DNA methylation-calling tools for Oxford Nanopore sequencing: a survey and human epigenome-wide evaluation | Genome Biology | Full Text

 

1. 创建新的conda环境

conda create -n tombo python=3
最低0.47元/天 解锁文章

200万优质内容无限畅学
ugobananas
关注
2024.09.04【读书笔记】|如何使用Tombo进行Nanopore Direct RNA-seq（DRS）分析
09-04 1937
首先，需要将原始的纳米孔读取数据（FAST5文件）转换为参考序列对齐的信号。这一步是Tombo分析的第一步，称为“重抖动”（re-squiggle），即将原始纳米孔读取转换为参考序列对齐的信号。可以通过Conda安装Tombo，这是推荐的安装方法。tombo run --input input FAST5文件路径 --output output 输出文件路径 --model model 模型名称其中，input参数指定输入的FAST5文件路径，output参数指定输出文件路径，model。
tombo resquiggle遇到的多种错误及解决方案
G_P_Liu的博客
03-01 954
运行tombo resquiggle过程中遇到的一些问题及解决方案。
tombo:Tombo是一套工具，主要用于从原始的纳米Kong测序数据中鉴定修饰的核苷酸
05-15
通宝 Tombo是一套工具，主要用于从纳米Kong测序数据中鉴定修饰的核苷酸。 Tombo还提供了用于分析和可视化原始纳米Kong信号的工具。 有关所有Tombo命令和算法的详细文档可以在上找到。 特征 修改后的碱基检测 支持DNA和直接RNA 三种检测算法支持广泛的应用 替代模型（首选） 样品比较 从头开始 参考锚定原始信号虚拟化 原始信号分析python API 用户友好的模型估计方法（含教程） 入门 Conda安装（首选方法） # install via bioconda environment (https://bioconda.github.io/#set-up-channels) conda install -c bioconda ont-tombo 任何Tombo分析的第一步都是重新使原始纳米Kong读段（原始信号与参考序列比对）进行重组。 这将创建一个索引并存储执
甲基化检测软件——Tombo
weixin_41869644的博客
05-15 4835
1.Tombo是一套工具，主要用于从纳米孔测序数据中鉴定修饰的核苷酸。Tombo还提供用于分析和可视化原始纳米孔信号的工具。 2.安装。 conda create -y -n ont-tombo #创建ont-tombo虚拟环境并安装tombo conda activate ont-tombo #进入虚拟环境 conda install -c bioconda -n ont-tomb...
Python库 | ont-tombo-1.4.tar.gz
05-20
资源分类：Python库 所属语言：Python 资源全名：ont-tombo-1.4.tar.gz 资源来源：官方 安装方法：https://lanzao.blog.youkuaiyun.com/article/details/101784059
mods-nf:使用Tombo和nanoDoc进行Nextflow管道进行RNA修饰鉴定
03-25
国防部 使用Tombo和nanoDoc进行Nextflow管道进行RNA修饰鉴定 Nextflow管道中的步骤 使用seqkit将fastq文件转换为fasta文件 使用seqkit将fasta文件转换为包含所有读取ID的文本文件 使用软件ont-fast5-api （fast5_subset选项），使用文本文件中的读取ID提取相应的fast5文件。 使用牛津纳米Kong技术公司的Guppy basecaller对这些分离的fast5文件进行basecall ，并带有--fast5_out选项 使用ont-fast5-api （multi_to_single_fast5选项）将这些多fast5文件（从基本调用）转换为单fast5文件。 使用牛津纳米Kong技术公司的Tombo软件，将这些单个fast5文件与参考程序对照起来 最后，使用nanoDoc预处理经过tombo约束的fast5s
Tombo工具集：从纳米孔测序数据识别核苷酸修饰
1. 安装：使用conda安装Tombo，命令为“conda install -c bioconda ont-tombo”。 2. 数据准备：将原始的纳米孔测序数据准备妥当，这些数据通常以FAST5或FASTQ格式存在。 3. 数据重组：Tombo分析的第一步是对原始...
Oxford Nanopore Technologies实战应用之电信号比对工具Tombo
m0_67672416的博客
04-17 1164
对于纳米孔测序常规用途，如基因组比对、SNV鉴别、宏基因组物种分析而言，用户一般使用碱基识别软件输出的fastq文件即可展开相应分析。但对于某些特殊用途，如甲基化鉴别、碱基识别算法开发，则需要深入分析纳米孔测序产生的fast5文件中原始电信号与碱基(A/T/G/C)之间的对应关系。那么，有没有软件可以实现这种功能呢？答案是ONT官方发布的软件Tombo。其实使用tombo resquiggle进行电信号比对还有许多细节需要注意，有兴趣的读者可以参考其说明书(
linux安装ont-tombo出现的问题及解决方案
G_P_Liu的博客
02-27 725
tombo作为fast5格式数据的可视化工具及检测碱基修饰的基础工具，对于nanopore测序数据的分析至关重要。尽管官方文档给出了conda和pip两种安装方式，但实际操作中总会遇到各种问题。本文总结了自己的安装过程中遇到的错误，并根据公开资料整理了相应的解决方案。希望能够对nanopore数据分析的初学者有所帮助。
Tomcat安装和配置（超详细）
最新发布
web17886480312的博客
03-22 1759
链接：https://pan.baidu.com/s/1uceOKe_QcpSQ6yhNxi4T5g?pwd=1234 提取码：1234Tomcat官网：https://tomcat.apache.org/download-80.cgi1.2.1、打开官网，选择想安装的版本1.2.2、根据自己的电脑配置进行选择解压下载完成的tomcat的压缩包解压后的文件夹解压完成后，把文件夹复制的任意盘变量名：CATALINA_HOME变量值：安装tomcat的路径（D:Program Filesapache-tomca
nanopolish中fast5文件multi_to_single和ont_fast5_api的使用
weixin_41869644的博客
04-01 3235
1.针对许多reads-id合并的fast5文件，我们需要使用ont_fast5_api去根据reads-id拆分成单个fast5文件。 conda create -y --name ont-fast5-api python=3.6 #创建py版本为3.6的虚拟环境 conda activate ont-fast5-api #进入虚拟环境 pip install ont-fast5-a...
deepsignal:使用Nanopore测序读数中的信号水平特征检测甲基化
05-01
消息 2021.03.15：我们开发了 。 与deepsignal相比，deepsignal2的DNN模型尺寸要小得多，在人类5mCpG检测中的性能要好一些。 深度信号 一种从牛津纳米Kong测序读物中检测DNA甲基化状态的深度学习方法。 DeepSignal构建了BiLSTM + Inception结构，以检测来自Nanopore读数的DNA甲基化状态。 它使用Tensorflow和Python 3构建。 内容 安装 deepsignal建立在Python3上。 运行深度信号之前，需要使用tombo重新采集来自纳米Kong读取的原始信号。 先决条件： Python 3. * 张量流（1.8.0 <=张量流<= 1.13.1） 通气 依存关系： 麻木h5py 统计模型scikit学习 1.创建环境 我们强烈建议使用虚拟环境来安装DeepSignal及其依赖项。 可以使用conda如下
make-multiFASTA:使用该文件夹中的所有FASTA文件创建一个multiFASTA
04-06
制造多重FASTA 使用该文件夹中的所有FASTA文件创建一个multiFASTA。
2020.8.26丨Nanopore甲基化测序产品概述
08-26 2526
一、Nanopore甲基化 基本概念 甲基化属于表观遗传 遗传学： 基于基因序列改变所致基因表达水平变化，如基因突变、基因杂合丢失和微卫星（SSR） 等 表观遗传学： 指基于非基因序列改变所致基因表达水平变化，如DNA甲基化和染色质构象变化等 表观遗传现象：DNA甲基化（去甲基化）、基因组印记、休眠转座子激活、母体效应、基因沉默、核仁显性、RNA编辑等 表观遗传学的常见机制 DNA 甲基化：化学修饰的一种形式，能在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现； l 组蛋白修饰
RRBS甲基化分析流程
热门推荐
生物医学信息学博客
06-02 2万+
RRBS甲基化流程 分析流程 和普通的测序分析一致，首先fastqc质量检测，接着对序列进行修剪，修剪后再质量检测；如果质量检测通过，则进行序列回帖，然后去除重复，计算甲基化程度，以及一些后续分析，本次后续分析使用R包methlykit以及edmr，还有其他一些甲基化分析软件可以参见附录。 流程命令 比对流程 首先进行fastqc质量鉴定，如果需要的话，再去除接头，PS：...
Nanopore测序
wangprince2017
11-02 2969
目前Nanopore卖点主要是两个角度：第一是Nanopore的读长长，某些情况下能够达到单条上M，但是这种情况可遇而不可求，很多时候只存在于宣传册上。另一个则是Nanpore便宜，这样就能够保证测序深度，从而提高组装质量。 但是Nanopore也有一个劣势，那就是它的错误谱(error profile)和PacBio不一样，并非随机，而是主要集中在homopolymer。因此PacBio在纠错...
DNA甲基化检测服务
weixin_30780221的博客
10-19 404
DNA甲基化检测服务 DNA甲基化是最早发现的基因表观修饰方式之一，真核生物中的甲基化仅发生于胞嘧啶，即在DNA甲基化转移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5'-端的胞嘧啶转变为5'-甲基胞嘧啶。DNA甲基化通常抑制基因表达，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。这种DNA修饰方在不改变基因序列前提下实现对基因表达的调控。脊椎动物DNA的甲基化状态与生长发育调控密切相关，比如在...
Nextflow管道中使用Tombo和nanoDoc进行RNA修饰鉴定方法
标题“mods-nf:使用Tombo和nanoDoc进行Nextflow管道进行RNA修饰鉴定”中涉及的关键技术包括Nextflow、Tombo、nanoDoc、seqkit、ont-fast5-api以及牛津纳米Kong技术公司的Guppy basecaller。这些工具和技术广泛应用于...
评论 3
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值