conda管理下的包冲突问题——libstdc++.so.6

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本文解决因GCC升级导致的Libstdc++版本不兼容问题，通过更新动态库实现修复。

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在conda包管理工具下，升级一个包的时候，因为要依赖很多其他的包，导致在安装一个新包的时候出现不兼容的问题比较多，昨天在安装一个fastq文件的压缩工具时，升级了gcc编译器版本，在运行ggplot2的时候开始报libstdc++.so.6的版本问题。具体报错如下：

error: package or namespace load failed for ‘ggplot2’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object './miniconda3/lib/R/library/Rcpp/libs/Rcpp.so':
./miniconda3/lib/R/bin/exec/../../lib/../../libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required by ./miniconda3/lib/R/library/Rcpp/libs/Rcpp.so)

1. 问题原因分析

为了安装最新版本的Node.js（最新版本的Node.js使用了C++ 11中，而C++ 11需要code>gcc 4.8+才能支持），将gcc升级到了当前最新版本v 5.2.0。升级后，成功编译安装了新版本的Node.js（v 4.2.1）,但运行时程序时出现了以下错误：

node: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found (required by node)
node: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.15' not found (required by node)
node: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required by node)

运行以下命令检查动态库：

strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBC
输出结果如下：
GLIBCXX_3.4
GLIBCXX_3.4.1
GLIBCXX_3.4.2
GLIBCXX_3.4.3
GLIBCXX_3.4.4
GLIBCXX_3.4.5
GLIBCXX_3.4.6
GLIBCXX_3.4.7
GLIBCXX_3.4.8
GLIBCXX_3.4.9
GLIBCXX_3.4.10
GLIBCXX_3.4.11
GLIBCXX_3.4.12
GLIBCXX_3.4.13
GLIBCXX_FORCE_NEW
GLIBCXX_DEBUG_MESSAGE_LENGTH
从以上输出可以看出，gcc的动态库还是旧版本的。说明出现这些问题，是因为升级gcc时，生成的动态库没有替换老版本gcc的动态库。

2. 问题处理

执行以下命令，查找编译gcc时生成的最新动态库：

find / -name "libstdc++.so*"

输出如下：

/home/gcc-5.2.0/gcc-temp/stage1-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/src/.libs/libstdc++.so
/home/gcc-5.2.0/gcc-temp/stage1-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/src/.libs/libstdc++.so.6
/home/gcc-5.2.0/gcc-temp/stage1-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/src/.libs/libstdc++.so.6.0.21  //最新动态库
……

/home/gcc-5.2.0/gcc-temp是升级gcc时的输出目录。

将上面的最新动态库libstdc++.so.6.0.21复制到/usr/lib64目录下：

cp /home/gcc-5.2.0/gcc-temp/stage1-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/src/.libs/libstdc++.so.6.0.21 /usr/lib64

复制后，修改系统默认动态库的指向，即：重建默认库的软连接。

切换工作目录至/usr/lib64：

cd /usr/lib64

删除原来软连接：

rm -rf libstdc++.so.6

将默认库的软连接指向最新动态库：

ln -s libstdc++.so.6.0.21 libstdc++.so.6

默认动态库升级完成。重新运行以下命令检查动态库：

strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBC

现在输出如下：

GLIBCXX_3.4
GLIBCXX_3.4.1
GLIBCXX_3.4.2
GLIBCXX_3.4.3
GLIBCXX_3.4.4
GLIBCXX_3.4.5
GLIBCXX_3.4.6
GLIBCXX_3.4.7
GLIBCXX_3.4.8
GLIBCXX_3.4.9
GLIBCXX_3.4.10
GLIBCXX_3.4.11
GLIBCXX_3.4.12
GLIBCXX_3.4.13
GLIBCXX_3.4.14
GLIBCXX_3.4.15
GLIBCXX_3.4.16
GLIBCXX_3.4.17
GLIBCXX_3.4.18
GLIBCXX_3.4.19
GLIBCXX_3.4.20
GLIBCXX_3.4.21
GLIBC_2.3
GLIBC_2.2.5
GLIBC_2.3.2
GLIBCXX_FORCE_NEW
GLIBCXX_DEBUG_MESSAGE_LENGTH